新的“三定方案”还明确了生态环境部的职能转变，即统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责，切实履行监管责任，全面落实大气、水、土壤污染防治行动计划，大幅减少进口固体废物种类和数量直至全面禁止洋垃圾入境。构建政府为主导、企业为主体、社会组织和公众共同参与的生态环境治理体系，实行最严格的生态环境保护制度，严守生态保护红线和环境质量底线，坚决打好污染防治攻坚战，保障国家生态安全，建设美丽中国。
内设机构
根据2008年的“三定方案”，原环境保护部设14个内设机构。2011年，撤销核安全管理司（辐射安全管理司），增设核设施安全监管司、核电安全监管司、辐射源安全监管司等三个职能司。2016年，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水环境管理司、大气环境管理司、土壤环境管理司。
按照最新公布的“三定方案”，生态环境部内设机构调整为21个。以下为2018年生态环境部与原环境保护部的机构对比图：