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E.coli基因文库的分类和选择

2019.12.19

自 1995 年成立以来,Dharmacon 在生物信息学,RNA 生物学和合成化学方面的专长 , 使我们能够开发出一整套研究基因功能的产品。

作为 RNA 定制合成的leader,Dharmacon 公司是 RNA 干扰新发现领域的早期参与者,并且在若干重要的科学发现中,以及确保沉默效率的 siRNA 试剂的商业化过程中做出了重大贡献。Dharmacon 公司保持技术进步,利用生物信息学和化学修饰提高产品性能,从而维持了长久以来 siRNA 领域的领先性。当今,我们研究的领域和研究工具已经扩展到支持 RNA 干扰应用的方方面面;如,siRNA,慢病毒shRNA,microRNA 研究工具,以及对基因,microRNA 和 lncodeRNA 进行功能性筛选的全基因组文库。同样,在过表达研究应用中,Dharmacon 公司收集了最齐全的商业化 cDNA 和 ORF 文库。

包括大肠杆菌Keio基因敲除文库,监测基因表达的启动子-GFP融合文库,以及用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的标记ORF。大肠杆菌一直是分子遗传学的模式生物,第一批观察细菌结合的实验发生在20世纪40年代。大肠杆菌产品包括有助于进一步了解基因调控、蛋白质-蛋白质相互作用和分析基因功能的突变效应的集合。

 

文库种类

Dharmacon 大肠杆菌资源库包括大肠杆菌Keio基因敲除文库,监测基因表达的启动子-GFP融合文库,以及用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的标记ORF文库。

 

大肠杆菌(E.coli)基因cDNA&ORF文库 

(1)大肠杆菌Keio基因敲除文库(E.coli Keio Knockout Collection)

大肠杆菌Keio基因敲除文库包含一组大肠杆菌K-12中所有非必需基因的单基因敲除突变体。共计3985个基因,每个基因有两个独立的缺失菌株,共产生7970个菌株;每一个被删除的基因被一个卡那霉素抗性盒所取代,该盒侧翼带有FRT位点可被FLP重组酶识别并切除。大肠杆菌Keio文库不仅是系统功能基因组学的资源,而且可以作为一些反向遗传学方法的工具。与突变体表型与相应基因相关的正向遗传方法相反,Keio文库允许分析与基因功能完全丧失相关的后果。

(2)大肠杆菌启动子文库(E.coli Promoter Collection)

Weizmann Institute of Science的研究人员建立了大肠杆菌菌株库,能够在活细胞中实时检测基因表达。每个报告菌株都标记了明亮的、快速折叠的绿色荧光蛋白(GFP),融合到低拷贝质粒中大肠杆菌启动子的全长拷贝上。这个文库包括大肠杆菌K12菌株MG1655的1900多个启动子(整个基因组有2500个启动子),并且能够以高精度和重复性地实时检测基因表达。使用FACS或延时荧光显微镜在多孔板中进行实验,测量单个细胞中的基因表达,灵敏度高。

(3)大肠杆菌标记ORFs(E.coli Tagged ORF)

多伦多大学的Andrew Emili和Jack Greenblatt实验室发布的Dharmacon™ SPA-and-TAP标记的大肠杆菌文库,旨在促进蛋白质-蛋白质相互作用的研究。共成功标记了857个蛋白,包括198个必需蛋白和保守蛋白。超过四分之一的蛋白质已被源实验室成功纯化。


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