Yeast基因文库的分类和选择
文库种类
Dharmacon酵母资源包括多个酵母基因组文库，包括ORF文库、基因敲除（Knock Out）菌株、蛋白质相互作用文库、突变菌株和各种筛选文库等。除此之外，Dharmacon 针对Saccharomyces cerevisiae 研究领域提供了Zoonome siRNA 文库。
酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因cDNA&ORF文库
（1）酵母ORFs库（Yeast ORF Collection）
酵母ORFs库设计用于在模式生物酵母中进行高通量地化学和遗传学筛选。该库收集了超过4900个通过Gateway技术克隆到酵母表达质粒（pBG1805）上的ORF序列。这些质粒被转化进入E.coli大肠杆菌中或酵母菌中。
（2）带有 TAP融合标签的酵母ORFs库（Yeast TAP Tagged ORFs）
该菌株库以MatA (BY4741)为 背景，提供超过4000个带有TAP蛋白标签融合的酵母蛋白，这些融合蛋白由内源启动子控制表达，TAP 标记使得可以使用串联的两个亲和选择步骤纯化和选择酵母蛋白质组和相关成分，从而可以进行一系列高通量功能性研究。
（3）带有GST融合标签的酵母ORFs库（Yeast GST-tagged ORFs）
该ORFs库由多伦多大学的Andrews实验室研发构建获得。该库包含了超过80%的酿酒酵母基因组。质粒编码的ORFs在N端融合了GST标签，表达受GAL1/10启动子控制。该文库被转导进入BY4741（MATa）背景的酵母菌中，并且被用于基因组范围的过表达筛选
（4）带有HA融合标签的酵母ORFs库（Yeast HA-tagged ORFs）
HA 标记的酵母文库包含有超过2400个的带有 3 个血凝素 (HA) 表型标记的诱变酵母菌株，对于酵母蛋白免疫定位、免疫沉淀和结合位点分析非常有用。该库装载在ura3 leu2二倍体菌株背景中。菌株不保证表达完整的功能蛋白，研究者需要自行进行验证分析。成功进行免疫定位的菌株，可在TRIPLES网站上找到对应的信息。
（5）带有YFP融合标签的酵母激酶基因库（Yeast YFP Fusion Kinase Collection）
酵母 YFP融合激酶库设计用于系统和大规模的激酶蛋白定位研究，从而探索研究出芽生殖的酵母信号通路。该库收集了大约120个酵母激酶基因，这些基因上游N端带有1kb左右的天然启动子，并在C端表达融合的YFP标签蛋白，基因通过Gateway技术被克隆进入载体，并在丝状菌株Σ1278b中表达融合蛋白。
（6）酵母条码标签库（Yeast Barcoder Collection）
该库由多伦多大学的Corey Nislow博士开发获得，包括约1200 株带有2段独特 DNA 序列标记（条码）的供体菌株（BY4741背景）集合，可以通过crossing mate-types方法系统地将带有DNA序列标记（条码）的酵母基因转化入任何酿酒酵母中。
（7）带分子标签的酵母（MoBY）ORFs库（Molecular Barcoded Yeast (MoBY) ORF Collection）
该库设计用于识别酿酒酵母中发生突变导致耐药性的基因，提供了一种识别酵母耐药突变的工具，可用于从突变体筛选到药物作用机制的发现等研究。
酵母基因敲除菌株库（Knockout Strains）
（1）酵母基因敲除菌株库（Yeast Knockout Collection）
酵母基因敲除 (YKO) 库提供超过 6000 种基因敲除的突变体菌株，对应基因的ORF由编码KanMX抗性（G418）的序列替代，覆盖了酵母基因组的96%，是进行酵母基因组功能分析的有力工具。独特的“分子条形码” 技术使得可以鉴定任意菌株的表型，从而可以进行单基因或全基因组水平的表型分析。
（2）酵母Tet启动子诱导基因库（Yeast Tet-promoters Hughes Collection (yTHC)）
yTHC包括了800种内源启动子被替换为可诱导启动子的酵母必需基因，通过在酵母培养基中加入四环素可以关闭相关基因的表达，从而克服了必需基因表达限制的问题。
（3）酵母亲本株（YKO Parental Strains）
亲本酵母菌株，用于酵母敲除（YKO）和其他酵母文库。
酵母蛋白相互作用文库（Protein-Protein Interaction Collections）
（1）酵母蛋白互作组库（Yeast Protein Interactome Collection）
用于酿酒酵母中进行蛋白质间相互作用 (PPI) 的全基因组体内筛选，可用于检测任何亚细胞位置蛋白质之间的结构和拓扑关系，高通量分析可筛选数百万种相互作用。
（2）酵母交叉和捕获系统（Yeast Cross and Capture System）
由多伦多大学Stagljar实验室的研究人员创建的酵母交叉捕获系统,使用6xHis和VSV标记的单倍体酵母菌株, 是一种新型的“诱饵”型MATa菌株分析方法，设计用于检测蛋白质-蛋白质相互作用。
突变菌株和筛选文库（Mutant Strains and Screening Collections）
（1）酵母插入突变体库（Yeast Insertional Mutant Collection）
利用转座子插入突变技术，建立了酵母插入突变株系。酵母插入突变体集包含 3600 多个用于表型分析的基因破坏突变体集合。
（2）酵母合成组蛋白 H3 和 H4 突变体集 （Yeast Synthetic Histone Collection）
由约翰霍普金斯大学的Jef Boeke博士开发, 在酿酒酵母中构成了486个针对组蛋白H3和H4氨基酸替换和缺失的突变文库，用于研究每个氨基酸对核小体功能的贡献。
（3）酵母基因组拼接库（Yeast Genomic Tiling Collection）
酵母基因组拼接库专为促进全面过表达表型筛选而设计，其酵母（酿酒酵母）基因组包含在 2 μm 的 LEU2 载体中。质粒插入长度平均约10 kb，包含由内源天然启动子介导的未标记的表达基因。该克隆集构成了酵母基因组的“最小功能通路”，在物理水平上占酵母基因组长度的97%，在功能水平上占基因组长度的95%。
（4）酵母 DAmP 库（Yeast DAmP Collection）
酵母DAmP文库是一个包含了必需基因等位基因受阻的酿酒酵母菌株的集合，表现一定的生长缺陷。使用 mRNA 扰动 (DAmP) 酵母库降低丰度，使必需酵母基因的 mRNA 水平降低 4-10 倍。用于定量检测基因相互作用，从而深入揭示通路和复合物的功能。
Zoonom siRNA (酵母)
Dharmacon可直接提供现有的酵母Zoonome siRNA文库产品，需要1000个基因的siRNA起订，最小规格0.1nmol。客户也可根据需求提供设计好的siRNA序列，Dharmacon提供定制合成服务，不限规格和基因数目。该文库主要是siGENOME形式。siGENOME是在合理选择沉默靶点的基础上结合完善的热力学分析，选择最优特征的反义链，保证高效沉默。自从2004年面世以来，siGENOME已在全球市场经受了长时间的品质考验。
参考文献
（1）N. Bharucha et al., Analysis of the Yeast Kinome Reveals a Network of Regulated Protein Localization during Filamentous Growth. Mol. Biol. Cell. 19(7), 2708-2717 (July 2008).
（2）S. Ghaemmaghami et al., Global Analysis of Protein Expression in Yeast. Nature. 425(6959), 737-741 (16 October 2003). [Letters to Nature]
（3）H. Zhu et al., Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293(5537), 2101–2105 (14 September 2001).
（4）Z. Yan et al., Yeast Barcoders: a chemogenic application of a universal donor-strain collection carrying bar-code identifiers. Nature Methods. 5(8), 719-725 (August 2008).
（5）J.
Ma et al., Localization of autophagy-related proteins in yeast using a
versatile plasmid-based resource of fluorescent protein fusions. Autophagy. 4(6), 792-800 (August 2008).
