离子阱质谱仪（Ion trap，IT）
A：离子产物扫描法（Production scanning）是蛋白质组学研究里最常用的MS/MS质谱检测策略。该方法的目的就是要获得蛋白质片段离子的质谱图，然后据此鉴定出蛋白质的氨基酸序列。在本试验中，第一个质谱仪MS1是用来筛选出某一特定的母离子。随后，被选出的母离子在碰撞池中经由碰撞诱导解离作用（collision-induceddissociation, CID）被进一步裂解成更小的片段，然后这些小片段分子经由第二个质谱仪MS2进行分析、鉴定。对不同的母离子反复进行这种分析最终就可以获得蛋白质的完整氨基酸序列。
B：母离子扫描法。在这里，第二个质谱仪MS2只对一个母离子进入检测。第一个质谱仪MS1对所有母离子进行扫描后挑选出一个母离子进入MS2。通常来说，该方法适用于检测某一样品中包含特殊功能基团的蛋白质亚群，这些基团包括磷酸酯基团或糖基化修饰基团等。
C：性丢失扫描法（Neutralloss scanning）能够以同步的（synchronized）方式同时对两种待测样品进行分析。分子量不同的各种离子可以持续不断地通过MS1和MS2。在碰撞池中，不符合分子量要求的中性片段分子都被筛掉了。因此，该方法适用于分析样品中具有某种特定功能的多肽。该方法最常应用的领域是发现被磷酸化修饰的丝氨酸或苏氨酸位点。
D：离子监测法（Multipleion monitoring, RM）是由一系列的实验组成的。MS1和MS2会分别挑选出一母离子和一特定的能代表该母离子的片段分子。然后，经由一系列的实验转化操作（母离子——小片段分子配对操作），最后收集实验信号（色谱洗脱时间）以供结果分析。MRM方法适合对复杂样品中已知片段特性的特定样品进行分析。
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