6月10日，德国国家疾病控制中心罗伯特·科赫研究所所长赖因哈德·布格尔宣布，确认豆芽等芽苗菜是造成5月德国北部致命性肠出血性大肠杆菌疫情的源头。德国当局同时表示，生吃黄瓜、西红柿和生菜是安全的。

　　确定新病菌基因组序列

　　5月中旬，当肠出血性大肠杆菌患者人数开始增加时，德国汉堡-埃普多夫大学医学院的临床部受到严峻考验，医学院的微生物专家们被患者们需要检验的样品所包围。《科学》杂志报道，一位来自中国、在丹麦做博士后的研究人员提议与中国深圳华大基因研究院合作，测出这种致命病菌的基因组序列，这位中国研究员曾通过一个交换项目在汉堡-埃普多夫大学医学中心工作过。

　　5月25日，汉堡-埃普多夫大学医学中心临床部将装有纯化病菌DNA的小试管送往华大基因研究院;5月27日，小试管抵达华大基因研究院，测序工作随即开始。

　　6月2日，中国科学家宣布测出这种病菌的全部520万个碱基对基因组序列，并使研究人员可立即下载这个DNA序列。来自世界各地的科学家仔细阅读这些数据，将这些基因序列片段装配成连贯基因组;再将这个基因组与大肠杆菌和其他细菌的参照基因组进行对比。同一天，德国明斯特大学和生命技术公司的合作团队宣布，测出来自一位患者的病菌基因组序列。生命技术公司是高级DNA测序仪的制造商。