首先是抗菌药物使用率和使用强度过高。肖永红指出，在我国，68.9%的住院病人使用抗菌药物，37%的病人联合使用抗菌药物，平均100名患者1天消耗80.1人份的抗菌药物，是WHO发布的全球平均值的一倍多。
其次是用药水平偏低，药物应用结构不合理。我国临床医疗机构用药水平偏低，主要表现在经验性或臆断性用药，用药前送检相关标本做微生物学检查过少，采集标本做细菌培养的不到使用抗菌药病例的1／100；适应证过宽或失控，如将抗菌药误用作退烧药，病人点名用药等，而且无适应证、目的不明确的所谓预防性用药不少；药物品种选择失当，选用广谱抗菌药偏多且依据多不充分；耐药率已高的抗菌药未及时停止使用或限制使用；用药方法不当，如联合用药种类过多或不合理，更换频繁，剂量偏小或偏大，疗程过长或过短等。肖永红则指出，许多医疗机构在抗菌药物应用选择上求新、求贵、求广，喹诺酮类、三代头孢菌素和二代头孢菌素一直占据我国抗菌药物使用总量的前三位。