第三，预防性应用抗菌药物现象普遍。肖永红介绍说，在医院抗菌药物应用中，治疗目的仅为48.4%，预防性应用高达51.6%。彭名炜教授则表示，目前我国临床医疗机构预防性应用抗菌药物行为缺乏规范，在没有相关指南指导和约束的情况下，以所谓“预防用药为依据”的抗菌药物不合理使用在医疗机构中十分普遍，例如我国外科Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类手术切口抗菌药物使用率依次为97.2%、98.9% 和100%，而Ⅰ类切口按要求不应该应用抗菌药物。这与医生的用药陋习直接相关，很多医生在进行手术时，希望减少并发症的发生，无论切口类型，都会预防性地使用抗菌药物。
此外，肖永红指出，部分疗效不确切或存在严重安全隐患的药物如土霉素、四环素、氯霉素、吉他霉素、司帕沙星、加替沙星等，以及一些复方产品，如头孢拉啶/舒巴坦、头孢曲松/舒巴坦、头孢哌酮/他唑巴坦、美洛西林/他唑巴坦、美洛西林/舒巴坦等，其安全性和有效性均有待于重新评估。