掌上测序仪新玩法：空气微生物实时测
近日，英国基因组分析中心（TGAC）的研究团队分享了利用MinION掌上测序仪，进行创造性研究。作为MinION首批试用者，TGAC摒弃以往需要把样本带回实验室的做法，使用了微型测序设备对环境中成百上千种不同生物样本进行现场物研究，以便研究人员能够对实验基因数据进行实时分析。
该研究的目标是测定空气中的细菌、芽孢、病毒等微生物分子。许多农作物、动物、人类的疾病都是由空气中的孢子传播。对该类样本测序分析的一个技术难题就是，空气中的生物样本量非常少。该团队利用人类微生物组计划中20种细菌的DNA样本建立了一个模拟的混合样本。在完善实验和数据分析方法后，又对真实的环境综合那个样本进行了测序，并将MinION 和 Illumina两种平台做了比较。
在对环境研究中，科学家面临的挑战就是分析复杂的宏基因组，而便携式的测序仪恰恰能够解决这一问题。TGAC数据基础设施及算法的项目负责人以及 MinION 访问计划工作小组的成员Richard Leggett博士说：“虽然我们的研究尚处初级阶段，但是MinION确实可以对复杂的宏基因组进行测序。现有的测序平台太大、成本也比较高，确实不适用于现场检测分析；尽管MinION还不算完美，凭借小型化、成本低、文库制备简单和便携等特点，它可以很好的用于现场检测。”
如果科学家们选择MinION，其中很大的原因是由于这一测序装置简易、便携、便宜。虽然它的错误率还不是那么令人满意，但它确实可以产生高度精确的DNA分析结果。现在，研究人员开发了一个叫做NanoOK的工具，用于分析纳米孔数据，辅助发现MinION的错误。研究人员还会使用一个名为Kontaminant的生物信息学工具，该工具最初是用于筛查样本中是否有其他DNA的污染，现在被用于分析宏基因组样本，并在平台用于物种分析。
