实验步骤
准备工作：
1. 预冷PBS，RIPA Buffer，细胞刮子(用保鲜膜包好后，埋冰下)，离心机；
2. 用预冷的PBS洗涤细胞两次，最后一次吸干PBS；
3. 加入预冷的RIPA Buffer(1ml/107个细胞、10cm培养皿或150cm2培养瓶，0.5ml/5×106个细胞、6cm培养皿、75cm2培养瓶)；
4. 用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到1.5EP管中，4℃，缓慢晃动15min(EP管插冰上，置水平摇床上)；
5. 4℃，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中；
6. 准备Protein A agarose，用PBS 洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠；
7. 每1ml总蛋白中加入100μl Protein A琼脂糖珠(50%)，4℃摇晃10min(EP管插冰上，置水平摇床上)，以去除非特异性杂蛋白，降低背景；
8. 4℃，14000g离心15min，将上清转移到一个新的离心管中，去除Protein A珠子；
9. (Bradford 法)做蛋白标准曲线，测定蛋白浓度，测前将总蛋白至少稀释1：10倍以上，以减少细胞裂解液中去垢剂的影响(定量，分装后，可以在-20℃保存一个月)；
10. 用PBS将总蛋白稀释到约1μg/μl，以降低裂解液中去垢剂的浓度，如果兴趣蛋白在细胞中含量较低，则总蛋白浓度应该稍高(如10 μg/μl)；
11. 加入一定体积的兔抗到500μl总蛋白中，抗体的稀释比例因兴趣蛋白在不同细胞系中的多少而异；
12. 4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温2h，激酶或磷酸酯酶活性分析建议用2 h室温孵育；
13. 加入100μl Protein A琼脂糖珠来捕捉抗原抗体复合物，4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温1h，如果所用抗体为鼠抗或鸡抗，建议加2 μl“过渡抗体”(兔抗鼠IgG，兔抗鸡IgG)；
14. 14000rpm瞬时离心5s，收集琼脂糖珠-抗原抗体复合物，去上清，用预冷的RIPA buffer洗3遍，800μl/遍，RIPA buffer有时候会破坏琼脂糖珠-抗原抗体复合物内部的结合，可以使用PBS；
15. 用60μl 2×上样缓冲液将琼脂糖珠-抗原抗体复合物悬起，轻轻混匀，缓冲液的量依据上样多少的需要而定(60 μl足够上三道)；
16. 将上样样品煮5min，以游离抗原，抗体，珠子，离心，将上清电泳，收集剩余琼脂糖珠，上清也可以暂时冻-20℃，留待以后电泳，电泳前应再次煮5min变性。
通过免疫共沉淀确定结合蛋白：
1. 用磷酸盐缓冲液洗30块10 cm培养板上的适宜细胞。刮去每块板上的细胞到1 ml冰冷的EBC裂解缓冲液中；
2. 将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4℃以最大速度离心15 min；
3. 收集上清(约30 ml)并加入30μg的适当抗体，4℃摇动免疫沉淀物1 h；
4. 加入0.9 ml的蛋白质A-Sepharose 悬液，4℃摇动免疫沉淀物30 min；
5. 用含900 mmol/L NaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。最后，用NETN洗一次；
6. 吸出混合物的液体部分。加入800μl的1×SDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4 min；
7. 将样品加入到大孔的不连续SDS-PAGE梯度胶中，在10 mA的恒定电流下电泳过夜；
8. 通过考马斯蓝染色观察蛋白质泳带；
9. 从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1ml 50%乙腈洗两次，每次3 min；
10.用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱；
11.通过窄孔高效液相色谱分离肽。将收集的肽在ABI 477A或494A机器上进行自动Edman降解测序。