直到上世纪80～90年代，中国才开始深海大洋观测。鉴于西太平洋海气相互作用对气候的重要性，1985年，“中美赤道西太平洋海气相互作用联合调查研究”正式启动。“那是中国第一次参加大型国际海洋合作调查研究，当时牵头的是美国海洋大气局和中国国家海洋局，主要参加部门有美国国家基金委员会（相关大学）和中国科学院，还有其他部门，如中国气象局和教育部等。”胡敦欣回忆说。此外，由中国科学院6个研究所共同合作的项目“热带西太平洋海气相互作用与短期气候研究”也在同期进行。针对两个项目的不同，胡敦欣说：“虽然都在西太平洋海域，但中美合作的项目主要注重在纬向过程（东西方向）上，而中国科学院6所合作项目主要是注重经向（南北方向）过程。这是中国真正从近海走向大洋开展科学调查的初级阶段。”
当时，有人曾质疑这种科研调查是“跟着外国人跑”，有不少非议。胡敦欣对此却有不同看法。他强调：“中国改革开放，对国外先进的就应该学习；即使我们出船，那是我们在出学费。和现在不一样。”在上世纪90年代初，由于种种原因，国际大规模西太平洋调查研究热潮归于平静，中国也随之停止了相关调查研究，一直停止了大约15年的时间。对此，胡敦欣表示，这对我国来说是一次失误。“因为美国与中国都有各自的战略布局，不能因为美国不做了，我们也不做，我们应该继续向西太平洋进军”。