谈到自主创新，胡敦欣认为：“如果没有新的观测试验数据，海洋科学的发展就没有了根基，就难有原始创新。这就需要不断提高观测试验技术能力。目前，我国的科考技术条件仍存在很多不足，最严重的问题是，几乎所有的先进设备都是进口的，自己研制的极少，最多是仿制，但仿制成功的不多。目前，我国海洋仪器研制太差，需要国家大力支持，投入足够经费保障，加强研究改变这种状态。不过，自主创新的关键问题还是人才问题，这就需要改革培养和使用人才的政策，改革研究生培养制度，提高培养质量，使年轻人有足够的时间用于钻研科学。”
谈及2010年秋季和2011年夏季两次国家基金委西太平洋科考共享航次的“科学一号”远洋综合科学考察时，胡敦欣颇多感慨：“我们的‘科学一号’，船的条件差，没有动力定位；另外，地处水深（6000～10000米）、流急、海底地形陡峭，自然条件复杂。在这种情况下，要准确布设和回收6000米测流潜标，可以想象，难度确实是非常大啊！2011年8月刚刚结束的航次，成功回收了2010年成功布放的2套深海测流潜标（6100米和3400米），又成功布设了3套深海潜标。取得了非常珍贵的科学数据，圆满完成了科学调查试验任务，在6100米深的地方成功布设和回收潜标，这在国际上，至少在西太平洋还是第一次，体现了我国海洋科学调查研究能力的巨大进步。完成了国家自然科学基金重大项目‘太平洋低纬度西边界环流系统与暖池低频变异研究’两大关键任务之一。”