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IJC投稿指南中细胞株鉴定(Cell Line Authentication) 的相关政策及解读

2023.4.07

1967年Stanley Gartler发现人正常肝细胞(Chang liver)、人喉癌细胞(Hep-2)和人口腔癌细胞(KB)等多种细胞株均已被HELA污染，从那开始，细胞株错误标识与交叉污染的问题在科学界就一直存在。2007年前后，少数的权威机构及国外期刊才真正开始重视这个问题，大家逐渐达成共识并开始采取相应措施；也就在这个时期，IJC(International Journal of Cancer)成为第一家将提供细胞株鉴定报告列为强制性投稿要求的SCI期刊（2011年）；同时，IJC也是审查细胞株身份最严格的期刊。因此IJC关于细胞株鉴定方面的政策和指南，就十分具有权威性和代表性。

小编为大家列出IJC关于投稿时细胞株鉴定的政策和指南，并进行相应解读。可供各位老师投稿前（无论投稿IJC与否）或细胞株鉴定时作为参考。

以下为IJC的细胞株鉴定方面的相关政策与指南：

由于科研人员越来越多地使用错误标识或交叉污染的细胞开展实验，IJC的编辑部采取相应措施，以确保接收的文章不是基于交叉污染或错误识别的细胞完成的。因此，基于人源细胞株而完成的研究实验必须提供关于细胞来源和细胞身份的鉴定报告（报告有效期不超过3年）。鉴定报告最好是通过STR分型的方法得出。

a)为了进行细胞株鉴定，作者应首先在Expasy(Cellosaurus)数据库(https://web.expasy.org/cellosaurus/）进行检索，以查看所用细胞株是否为已知的交叉污染或错误识别的细胞。

b) 作者可以在自己内部实验室（例如使用相应的商品化试剂盒）中进行STR分型，也可以委托给具有质量控制认证的第三方实验室或细胞库，由他们提供细胞株STR鉴定服务。

1.如果是自己内部实验室完成细胞株STR鉴定，作者应该上传STR图谱（即PDF格式的显示等位基因的电泳图谱，上面还应包括细胞株名称和分析日期）、STR分析结果、与数据库比对信息（如ExPASy数据库(https://web.expasy.org/cellosaurus-str-search/））以及完整的IJC细胞株确认表格。

2.如果是第三方实验室或细胞库进行的细胞株鉴定，则作者直接上传所获得的细胞株鉴定报告即可，该报告应包括有电泳图谱。

c)对于没有可用参考数据的人源细胞株，IJC同样要求进行身份鉴定。得出的STR数据应当与公共细胞数据库进行比对（如ExPASy数据库）。比对结果显示与数据库中的其他已知细胞无匹配，则证明该细胞株是独一无二的、不是被污染的或是错误标记的细胞株。

d) IJC也接受具有相应质量控制认证的第三方检测机构通过SNP（Single Nucleotide Polymorphism）检测得出的细胞株鉴定报告，但是这仅针对于那些具有公开可用的SNP参考数据的细胞株。

e) 目前，以下细胞株免做身份鉴定：

1. 短期培养的人类肿瘤细胞

2. 鼠科/大鼠/啮齿类动物细胞

f) 根据具体情况，原代细胞系有时也会被要求提供鉴定报告。（具体看要基于原代细胞产生的实验数据量以及这些数据对最终实验结论的影响）。

g）对于是描述新建系的人源细胞株的研究，强烈建议作者进行STR检测，与来源组织的STR数据进行比对复核（如果可能的话），并将STR结果汇总到论文原稿中以供将来作为参考。（例如在补充列表中列出核心位点D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, vWA, TH01, TPOX, CSF1PO以及 Amelogenin的数据）。

在论文原稿的材料和方法部分中，必须包括以下信息：

1. 必须用官方的细胞名称以及ExPASy数据库中的RRID(Research Resource Identifier)将所有的细胞列出（例如HELA(RRID：CVCL_0030)）。

2. 必须提供所有细胞的来源或者供应商。

3. 一份证明所有人源细胞株已经进行了STR或SNP鉴定（三年有效期内）的声明。

4. 提供一份声明，证明论文中所有实验都是使用的无支原体污染的细胞。

能够看出，IJC对细胞株鉴定的要求相当严格。我们可以提取一些关键的信息作为参考：

1.所提交的细胞株鉴定报告必须在3年有效期之内；并且所用的鉴定方法最好为STR分型（目前STR分型是细胞株鉴定的金标准方法）。

2.在购买或使用或鉴定细胞株之前，应当去ExPASy数据库进行检索，查看相关细胞株是否为已知的交叉污染或错误识别的细胞。

3.如果内部实验室本身不是做STR分析相关实验的，不具有相应的专业资源及人员，那么小编建议首选第三方检测机构或细胞库的细胞株鉴定服务。这样既能保证鉴定结果的专业性和准确性，也可避免相关试剂、耗材的浪费。

4.IJC的指南，重点针对的是人源细胞株。对于鼠科/大鼠/啮齿类动物细胞未做要求。不过，若实验中有使用小鼠细胞株，小编建议最好对小鼠细胞也做下鉴定。因为：1)相较于其他鼠类细胞，目前针对小鼠细胞株鉴定的STR分型技术已经相对成熟（如苏州鉴达 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)的小鼠细胞试剂盒能够检测多达19个位点）；2)另外数据库（如ExPASy）也在逐渐收录、补充各类小鼠细胞的STR参考数据。

5.指南中c)、e)-1、f) 、g）这四类细胞株，小编同样建议对其进行身份鉴定。虽然这四类细胞株在数据库中都没有标准STR数据可供参考，但进行身份鉴定能够确认细胞株与数据库中的其他已知细胞是否匹配（无匹配，则证明细胞株为独一无二的），另外也可以检测细胞株是否存在交叉污染。

6.指南中也要求细胞株必须是无支原体污染的。由此可见，支原体检测也逐渐受到重视。因此各位老师在对细胞株进行身份鉴定的同时，不要忘记细胞株的支原体检测。常用的支原体检测方法有传统的分离培养法、指示细胞培养法（DNA染色法）、ELISA法、PCR法等。苏州鉴达 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)也可以进行支原体检测。支原体检测试剂盒（GTB's Mycoplasma Detection Kit）能够扩增出多达528个产物、检测多种支原体，具有高度广谱性。

参考文献：

1. Gartler. S.Apparent HeLa Cell Contamination of Human Heteroploid Cell Lines. Nature.1968 Feb 24;217(5130):750-1.

2. Norbert E. Fusenig et al., The need for a worldwide consensus for cell line authentication: Experience implementing a mandatory requirement at theInternational Journal of Cancer. PLoS Biol. 2017 Apr 17;15(4):e2001438.

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