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关于引物自身避免互补的介绍

2022.11.10

  引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。

  两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体(Dimer与Cross dimer)的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其△G值不要过高(应小于4.5kcal/mol,∆G 值是指 DNA 双链形成所需的自由能,该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性 [3] ),否则易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。

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