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shrna引物退火原理

2022.4.09

1. 载体取2-5ug,在25ul体系中,用2.5ul的酶切30min-1h,回收载体:
载体:---2ul(2-5ug)
酶---------2.5ul
Buf--------2.5ul
水---------18ul
回收的时候希望浓度高点。

2. Oligo退火形成双链
若为2OD=5.4nmol的话,则每个引物用54ul水溶解,即得到浓度为100uM(100pmol/ul)的溶液。
取两引物各10ul,10X NEB Buf-2取2.2ul,混匀,PCR仪缓慢退火至室温(>60min)。
程序如下:
95℃--------5min;
94~46℃--降1℃/min
46~26℃--降2℃/min
4℃---------forever

3. linker的5’端磷酸化
退火产物-------------0.5ul (50pmol总5’末端)
10x PNK Buf A-------2ul
10mM ATP------------2ul
T4 PNK酶------------1ul
ddH2O----------------14.5ul
以上总计20ul,混匀(不可votex),37度30min。

4. 连接
T4 DNA ligase法
酶切过载体----------100-200ng
磷酸化linker--------4ul 1:100稀释后的linker
T4 酶------------------1ul
T4 Ligase Buf---------1ul
PEG4000--------------1ul
加水补足总体积10ul,混匀,4度过夜。

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