RNA-Seq，区分细菌和病毒感染新工具
在临床治疗中，准确鉴定细菌感染和病毒感染至关重要，这关系到治疗干预方案选择和抗生素耐药隐患预防。
例如下呼吸道感染（lower respiratory tract infections，LRTIs），不同病原体引起的不同疾病有着相似的临床症状，让医生很难做出正确诊断。
如今，罗切斯特大学医学中心（URMC）发布了一篇利用RNA测序和转录组分析帮助医生开处方药的《Scientific Reports》文章。
URMC纪念医院感染疾病科主任Ann Falsey教授说：“解释呼吸道感染的类型非常困难，尤其当就诊重病患者同时出现高烧、咳嗽、气短等其他有关症状时。我们的目标是开发一种有效的临床诊断工具，让医生顺利地排除细菌感染，不至于乱开抗生素。”
研究小组招募了94名LRTI患者住院治疗，收集了每一位病人的血液样本和临床资料，并进行了一连串的微生物学试验鉴定了41例细菌感染和53例非细菌性或病毒感染。
下一步，科学家们利用遗传学统计分析，找出患者血液中的标记物，这些标记物可将80-90%的细菌感染者正确归类。
“我们使用RNA-Seq和qPCR检测了患者全血基因表达水平，用Bonferroni-corrected Wilcoxon实验鉴定了细菌感染的基因差异性，限制性逻辑模型所预测的细菌感染符合LASSO（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator）。RNA-Seq和qPCR证实，细菌性下呼吸道感染中有10个已知基因的表达发生显著差异。”
儿科和生物医学遗传学教授Thomas Mariani博士说：“我们的研发目标并非检测患者体内的特定有机体，而是利用基因数据辅助医生决策患者适合什么类型的抗生素。”
尽管这是一次较小规模的临床检测，但是未来，这款“基因分类器”可能被证明同样适用于所有普通患者。
本文随机选取了94名呼吸道感染受试者，而真正的细菌性感染竟不到一半。反观大多数“普通感冒”的药物清单，其中不乏大量抗生素的使用。
众所周知，滥用抗生素不仅容易引发耐药性全球恐慌，而且对肠道微生物菌群平衡影响剧烈，近年来，大量研究指出肠道微生物与很多疾病有关。总的来说，细菌临床检测手段研发刻不容缓。
