外源性组分在生物样品中不存在，但同样会带来基质效应，其由样品前处理过程引入，包括塑料和聚合物的残留、邻苯二甲酸盐、清洁剂(烷基酚)、离子对试剂、有机酸、缓冲液、SPE柱材料、流动相等。另外，APCI离子化方式比ESI对基质效应更敏感。基质效应不但与离子化方式有关，而且与各个仪器厂家的源设计也有关。
基质效应的评定
通过评定基质对分析物信号的影响程度，可大致将基质效应的评定归结为2种方法：柱后注射法和提取后添加法。柱后注射法属于动态方法，注射泵和接色谱柱的液相系统通过三通接头与质谱连接。注射泵恒流注射一定浓度的分析物；生物样品不添加分析物，提取后按已定的色谱条件进样，记录分析物的响应，此方法可考察整个色谱循环的基质影响。提取后添加法是采用提取后添加法建立数学模型评定基质效应在LC—MS／MS中使用的最多，而且，此法可同时考察提取回收率。
基质效应的消除