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量子点单分子成像助力CRISPR机制研究

2020.5.25

量子点(Quantum dots)做为无机合成的纳米材料,具有超越传统荧光染料的独特光学性质,比如荧光亮度高、无需避光、不会淬灭,是新一代的优质荧光探针。

单分子成像(single-molecule imaging)技术中,将荧光探针用于单分子标记,要求荧光亮度高以满足灵敏度和分辨率的需求,同时要求观察时程长、不易淬灭、长时间激发耐光漂白。对于上述要求,量子点具有不可替代的光学优势。

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图1 DNA curtain模式图

图中并行排列的部分为DNA,锚着于固相基质。

DNA curtain(DNA幕帘)(图1)是用于分析DNA与蛋白质体外相互作用的技术。该技术中,DNA序列锚着于固相基质,同时以量子点对蛋白质分子进行荧光标记,即可实时对DNA与蛋白质的结合及作用模式进行动态观察与分析。

加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna教授和哥伦比亚大学的Eric C. Greene教授,于2015年11月在生物医学顶级杂志《CELL》,发表题为“大肠杆菌CRISPR-Cas系统对外源DNA的监测与处理”的研究论文。该课题基于DNA curtain技术,将DNA序列锚着于固相基质,同时利用量子点标记的Flag抗体将Cascade进行荧光标记(图2),通过对绿色的DNA及洋红色的Cascade进行实时的动态观察,从而分析二者的相互作用模式,有助于阐明细菌CRISPR系统对外源DNA的作用机制。

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图2 E. coli Cascade靶向结合模式

A. 宽场全内反式荧光显微镜(TIRF)成像显示量子点标记的Cascade(洋红色)结合于DNA(绿色)λ1序列。
B. TIRF成像显示Cascade结合于DNA的λ3序列。
C. E. coli Cascade通过crRNA靶向于不同结合位点的模式图。

文献来源:Redding S, Sternberg SH, Marshall M, Gibb B, Bhat P, Guegler CK, Wiedenheft B, Doudna JA, Greene EC. Surveillance and Processing of Foreign DNA by the Escherichia coli CRISPR-Cas System. Cell 2015;163(4):854-65


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