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多色探针熔解技术有何潜力?

2021.6.23

多色探针熔解曲线分析技术

荧光PCR是应用最广的核酸检测平台。荧光PCR操作简单、闭管反应,可有效降低扩增产物污染,但一大缺点在于它所能检测的靶标数目有限。这也是荧光PCR在临床应用受到制约的重要因素,但随着多色探针熔解曲线分析技术的出现,却很好的解决了这个问题,即能够在保留荧光PCR优点的同时也能突破它检测靶标有限的瓶颈。


探针熔解曲线分析指的是在PCR完成后,通过实时监测温度变化过程中探针荧光强度变化的情况,得到荧光强度或者荧光强度相对温度的负导数随温度变化的曲线,即探针熔解曲线 ,从探针熔解曲线上可以获得探针与靶序列杂交的熔点值(Tm值)。


当荧光探针与不同的靶序列杂交时,由于碱基匹配程度不同,形成双链DNA的稳定性也各不相同,其Tm值也就存在差异。一条荧光探针可同多条序列相近的靶序列杂交产生不同的Tm值,因此根据Tm值的差异就可以实现不同靶的检测和区分,即Tm值的多重检测,若同时结合多色荧光检测就可以大大提高单个反应中检测的靶基因数目。


多色探针熔解曲线分析(multicolor melting curve analysis, MMCA)是在传统探针熔解曲线分析基础上发展而来的,其特点是采用多个双标记自淬灭荧光探针(图1)作为检测探针,不需使用“锚探针”,在多色实时PCR仪上可检测多个靶序列的熔点变化。


相比传统的探针熔解曲线分析,MMCA无须能量转移检测通道,可在普通的荧光检测通道上实现,因此适用于任何实时PCR仪器;同时,由于省去了“锚探针”,设计更为简单灵活,也避免了“锚探针”存在所导至的检测盲区。MMCA就是采用多个不同标记的双标记自淬灭探针,利用实时PCR的多个检测通道实现多个突变的同时检测。

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图1 基于双标记 自淬灭探针的熔解曲线分析原理

双标记自淬灭探针是一条两端分别标记荧光基团和淬灭基团的单链寡核苷酸探针,可以是线性也可以是发夹型,其中的线性探针与TaqMan探针结构相同。


MMCA可对整个扩增片段内的点突变进行筛查、识别和基因分型。结合多重PCR,可以对多个扩增片段同时进行检测,具备同时检测多个突变位点的能力;可在常规实时PCR仪上进行,具有探针容易设计等优点。


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