氨肽酶的应用
用于脱除蛋白水解液的苦味
当蛋白质大分子酶解时，肽链中含有的疏水性氨基酸暴露出来，接触味蕾，产生苦味。因此，用蛋白酶水解后的蛋白质水解液通常都呈现苦味。研究发现，疏水性氨基酸对苦味的形成是必须的，且这些疏水性氨基酸一般都位于肽链末端；如在肽链中残留一定量的脯氨酸其苦味明显增强。蛋白酶解液的脱苦方法的研究以前主要采用物理、化学方法，即分离提取苦味肽，或添加风味物质掩盖苦味。有研究报道，利用氨肽酶进一步水解蛋白质的酶解液，可以脱除其苦味，1969 年 Y.Sato 等用 11 种蛋白酶处理酪蛋白水解液，发现亮氨酰氨肽酶可以脱去蛋白质酶解液的苦味，研究还发现各种乳酸菌的粗酶提取物均能够除去或降低酶解液的苦味。此外，需要特别说明的是，脯氨肽酶在脱苦上有特别重要的作用，因为肽链末端脯氨酸残基除去后，其三维结构会发生显著改变，对酶解的敏感性增强，这种氨肽酶主要存在于乳酸菌中 。
蛋白质的深度水解
与蛋白酶复合使用，可以大幅度提高蛋白质的水解度。在酱油酿造、干酪生产及其它蛋白水解产品的制备过程中，可以提高蛋白质的利用率，节省成本。如崔春、赵谋明等利用风味蛋白酶（蛋白酶和氨肽酶的复合体）深度酶解蓝园鱼参蛋白，酶解 6h 后蛋白质的利用率即达到 83.3%，21h 时水解度达到59.7%。
生物活性多肽的制备
生物活性多肽大部分是细胞生长因子，它们在体内含量极低，但生物活性极高，对多种细胞生理功能和代谢活动发挥着生物调节作用。具有保健和美容的功能。通过控制蛋白质的酶解来得到特定的活性肽是制备活性多肽的一种安全且高效的途径。刘通讯等先用蛋白酶对大豆分离蛋白进行水解，然后再用氨肽酶进行水解，研究发现，产品中的多肽含量相对单一用蛋白酶水解约能提高 12%左右。
在医学上的特殊用途
脯氨肽酶能有效清除神经毒性化学毒剂及有机磷农药，既可用作医学上的解毒剂，也可以用作环境消毒剂。亮氨酰氨肽酶等还可用作蛋白质序列测定的分子工具。
