此外，部分条款操作性不强也受到质疑。如食品安全法的罚则中，大都规定了没收违法所得的行政处罚。但具体执行中，对“违法所得及货值金额”难以认定。对餐饮环节发生食物中毒事故的处置，相关罚则操作性不强，难以追究相关人的责任。食品安全法对从业人员领取健康证有明确要求，但没有相应罚则，造成了无健康证上岗现象增多的趋势。对食品添加剂的经营管理没有明确规定，一定程度上造成了目前非法添加和滥用食品添加剂的现状。
针对上述状况，不少地方已经着手加强配套法规制定及体系建设并取得了积极成效。
四川省对与食品安全监管相关的地方性法规、规章及规范性文件进行了清理，及时修订、废止与食品安全法及其实施条例、国家部门规章相冲突的地方性法规制度，确保食品安全法律制度的一致性。有关部门组织制定了《四川省食品安全事故查处责任追究机制》《四川省食品安全企业标准备案办法》等配套法规；开展了食品生产加工小作坊和食品摊贩监管立法前的论证工作，拟纳入明年四川省人大常委会的立法计划；出台了食品从业人员健康检查相关制度，落实食品安全法的有关规定。