关于蛋白的处理（一）
Docking
A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊，rmsd也比较高，请问大家对接时受体蛋白加力场吗?
B:参数没设置好吧。
C:要分析原因哦。
(1)是所有对接计算出来的pose都不好?
(2) 还是打分最好的那个不好，打分差的反而好?
(3)还是根本没有生成活性构象。
如果生成了活性构象，而打分函数没有把他挑出来，说明打分函数有问题，需要换一个打分函数。如果根本没有摆出正确pose，需要改变搜索策略。或者干脆换软件。
活性预测
D:我现在自己做小分子活性预测的深度学习，在建模的过程中有个问题，训练集多少比较合适?
C:深度学习以不过拟合为准，同一个靶标的QSAR估计你要几千个数据点，我做过的都有6000，7000,8000或更多以上。
D:这个训练集您是以什么标准筛选的，有什么数据库吗?
C:开源的有pubchem,chembl,bindingdb。
D:他的活性值在这些数据库都有吗?需要爬虫下来?
C:不需要爬虫啊， 直接可以按靶标搜索。
E:现在什么靶标比较火呀，我也做的深度学习的，描述符有很多。
殷赋科技:不应该选经典成熟的靶标么?
E:用二维描述符+卷积神经网络。哪个靶标有一万以上的小分子呢?
C:毒性，代谢是所有药物上市前都研究的，这些靶标比较多，比如hERG。
蛋白处理与分子对接
A:请问如果是锌结合的抑制剂对接完成后做QM/MM除了将配体，锌离子以及与锌离子直接相连的三个氨基酸设为QM区，那些与配体成氢键或是pi作用的氨基酸也要设为QM区吗?
E:是的。
A:还有请问对于配体的电荷怎么看啊?比如一个羧酸分子，是0吗?
E:羧酸有H吗?有H就是0。
A:请问什么叫有氢吗?我加了charmm力场，羧酸那个O上面没有H。
E:那是-1，你的qm是dft还是dftb?
A:我不懂，怎么看啊?我是在ds里做的。
E:我以为你是qm/mm/md!
A:不是，没有做分子动力学。你好，我的配体就是这样的。
A:这个就算做-1是吗?还有请问组氨酸电荷是不是+1呢?我天冬氨酸按照-1算的。
E:HID，HIP还是HIE?看你质子化情况。
A:HIS。怎么看质子化啊?我是小白就是按教程做的。
殷赋科技:让DS处理吧。用UCSF Chimera的Prep Dock就可以处理，我们平台也会自动处理蛋白，生成的mol2文件就含有质子化氢和偏电荷(partial charge)。
F:你用什么做QMMM?
A:你好，我用的ds@F。下载的pdb晶体里面有一个配体很大，为了对接，清理蛋白质的时候定义活性位点设定的半径要不要相应增大啊?
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