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高通量单细胞转录组测序发展与展望

2021.2.23

单细胞转录组测序技术这几年的发展之快,运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术,也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中,上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳,在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章,希望能进一步提升科研工作者对该技术的认识和了解,以更好地将该技术发扬光大。
 


本综述通过对高通量单细胞转录组检测技术的发展进展,检测技术的特点,数据分析方法等角度进行综述,并对目前存在的问题及将来可能的发展方向进行了讨论。

在第一部分,综述对高通量单细胞转录组测序平台研究进展进行了整理,这里包括单细胞转录组测序的基本实验流程,技术特点,特别是现在商用比较广泛的10X Genomics公司的微滴技术和DB的微孔技术进行了详细描述与技术对比。
 


高通量单细胞转录组测序研究最重要的一个工作是对大数据的分析和数据挖掘,在第二部分,该综述详细介绍了单细胞测序数据的后续数据分析过程和常用分析方法。另外,针对单细胞转录组数据的特点,本文还重点阐述了细胞轨迹推演,细胞互作预测和功能富集几种常见且具有代表性的单细胞转录组数据深入挖掘高级分析内容。



在第三部分,综述重点对单细胞转录组测序中的常见技术问题:样本类型选择、多细胞率、捕获效率、罕见亚群缺失问题进行了阐述,并根据最新的研究进展,提出了可能的解决方案。从这里,我们也可以看到,虽然每种技术方法有各种不完美的地方,但是,现在对单细胞技术的广泛关注,也使得这些存在的问题在一步步解决。

在随后一部分,本综述对单细胞技术的未来发展进行了展望。单细胞转录组测序用于lncRNA、外泌体检测,用于降低成本的多样本标签技术,空间转录组测序技术,三代测序用于单细胞转录组,单细胞多组学技术等进行了展望。我们相信,在接下来的几年中,单细胞转录组研究会为科学研究带来更多的成果和产出。

参考文献:高通量单细胞转录组测序发展与展望. 生命科学, 2020, 32(12): 1280-1287.


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