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关于外显子捕获的操作步骤介绍

2022.11.10

  (1)基因组DNA经“霰弹法”切成小片段后,克隆在位于“外显子捕获序列”下游的克隆位点上。

  (2)将这些重组载体汇总后感染反转录病毒的专宿包装细胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2细胞系。ψ2细胞提供蛋白质产物使载体(自身不能合成病毒蛋白质)成为反转录病毒在细胞里增殖。当反转录病毒在细胞内转录时,如果插入片段中包含有功能的SA位点,则有可能发生RNA剪接反应而将IVS切除。

  (3)已剪接和未剪接的病毒RNA都包装在病毒子(virion)中,从细胞培养液中收集后用来感染兼宿反转录病毒包装细胞系(amphotropic retroviral packagingcell line)PA-317。这使反转录病毒再进行一轮复制,并产生能感染猴肾细胞系COS细胞的高效价病毒原种。这样做是由于上一轮克隆在病毒中的插入片段的剪接效率极低,而在第二轮复制时则大大提高了RNA剪接的机会。

  (4)从第二个细胞系PA-317细胞中分离得到的病毒,用来感染组成型产生SV40T(肿瘤)抗原的COS细胞。病毒RNA基因组被反转录,并在载体上的SV40复制起点作用下,以环状DNA附加体形式进行复制。

  (5)从COS细胞中回收复制的附加体DNA,经限制性内切酶Dpn I 酶切后转化细菌。在含卡那霉素(Kn)和5—氯—4—溴—3—吲哚—β—D—半乳糖苷(X-gal)的培养基上挑选转化子。卢—半乳糖苷酶可水解X—gal而生成蓝色产物。因此,不产生β—半乳糖苷酶的转化子菌落则呈白色。

  (6)只挑选出白色菌落作进一步研究的材料。白色菌落的生成可以有二种原因。一是由于基因发生突变,使夕—半乳糖苷酶失去活性;二是由于在反转录病毒生活周期的RNA时期中发生了剪接反应,从而丢失了α,β—半乳糖苷酶基因。

  (7)如果是基因突变,则大多数将是缺失了载体中的“外显子捕获”部分,就可用人的口—珠蛋白基因片段为探针作菌落杂交,很快可得到验证。

  (8)如果是真正发生了RNA剪接事件,准确的剪接反应可切除作为标记的IVS,使人口—珠蛋白基因的第1外显子与落入了捕获陷阱的插入片段中的外显子序列连接,这可直接测定其序列加以证明。

  从捕获到的外显子出发,就可进一步用作探针去从基因组基因文库或cDNA文库中分离出基因。

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