常染色质与异染色质的功能差异
常染色质区域的基因可以被转录为信使RNA。常染色质区域非折叠的结构允许基因调控蛋白和RNA聚合酶与其上的DNA序列结合，从而开启转录过程。在转录过程中，并非所有的常染色质都会被转录，但基本上非转录的部分会折叠为异染色质以保护暂时其上不用的基因。因此细胞的活性与细胞核中的常染色质数目有直接关系。
常染色质与异染色质之间的转换被认为是一种调控基因表达和复制的机制。这是基于“可访问性假设”，基因的转录与表达在紧密压缩的染色质中更难完成，需要另外的机制，因而聚集较为松散的常染色质区域上的基因更容易进行复制和转录过程，这样的结构对于一些处于高表达量的基因尤为重要。一类经常处于活动的结构常染色质是编码一些细胞生存必需的蛋白的基因（又称管家基因，housekeeping genes）。
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