从ccfDNA中挖掘深度信息，你需要这个一体化方案
如今，癌症研究人员的手头又有了一件让人激动不已的新工具：循环游离DNA（ccfDNA）——只需通过侵入性极小的液体活检即可采集得到。与从存档的FFPE肿瘤标本中采集的静态DNA相比，ccfDNA可提供原发和转移性肿瘤的实时突变信息。这将大大改善治疗决策和监控，对癌症及其他疾病的生物标志物的检测和监控具有重要的意义。
由于ccfDNA通常以低浓度存在，带稀有突变或被片段化，故整个流程必须灵敏可靠。QIAGEN为研究人员从ccfDNA中挖掘深度信息提供了必需的一切：一个完整且简化的流程，覆盖采集、稳定、分离、分析和数据解释。快看QIAGEN的解决方案！
采集和稳定
PAXgene Blood ccfDNA Tube是针对ccfDNA的特殊采血管，采血体积最高可达10 ml。它的材质是特殊处理的高硬度透明塑料，可对抗运输过程中的撞击。采血管采用了一种非交联反应的稳定剂，可有效防止溶血及gDNA的释放，最大限度减少对ccfDNA的改变。采集后的全血可在室温下（8-25ºC）放置7天。
分离ccfDNA
手动提取看这里。QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit适合从血浆或血清中分离循环DNA或RNA。这种方法无需酚氯仿。核酸与QIAamp Mini柱特异结合，而污染物流走。通过3步洗涤可彻底去除PCR抑制剂，如二价阳离子和蛋白质，只留下纯净的核酸。若只需要循环RNA，则可以利用RNase-Free DNase Set来消化DNA。当然，这些操作也可以在QIAcube上自动化开展。
若你们实验室有QIAsymphony SP平台，那么恭喜你，事情就更简单了。你只需要将PAXgene Blood ccfDNA Tube采集到的全血进行离心，分离出血浆组分，然后小心地将血浆转移到第二支管中。后面的纯化过程就交给QIAsymphony SP吧。全自动的QIAsymphony PAXgene Blood ccfDNA Kit采用磁珠法分离出ccfDNA片段，其产量与手动的QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit相当。全自动操作提高了重复性，也避免了交叉污染。
ccfDNA测序
QIAseq cfDNA All-in-One Kit则率先将ccfDNA提取与文库制备相结合，让文库制备更加方便和高效，以满足外显子组或全基因组测序的需求。这个过程包括两个主要步骤：从血浆中提取ccfDNA，以及NGS的文库制备。核酸提取也是采取经典的过柱法。由于ccfDNA通常约为170 bp，故文库制备之前不需要片段化。洗脱液可直接用于文库制备。
QIAGEN提供了两个版本的All-in-One Kit，分别适用于Illumina和Ion Torrent的测序仪。试剂盒中提供了对ccfDNA的末端进行适当处理的试剂，以及测序接头和条形码，让多个样品可在单次运行中同时测序。酶的配方和缓冲液已针对ccfDNA进行优化，这样只要有10 ng ccfDNA，就能够生成与Illumina测序仪兼容的NGS文库，而无需PCR扩增。如果实在没有，也可以使用试剂盒中附带的HiFi PCR混合液扩增。
数据分析
后续的数据分析可是QIAGEN的强项。他家的Ingenuity® Pathway Analysis™、Biomedical Genomics Workbench®及其他QIAGEN生物信息学方案，可以对液体活检样本的DNA和RNA测序数据进行分析和解释，有助于发现癌症的生物标志物，并改善癌症的检测、诊断和治疗。
如今，有了这些新工具，相信不止ccfDNA本身让人激动不已，它也能带来激动人心的研究成果。从ccfDNA中挖掘深度信息，这个一体化方案你值得拥有。
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