芯片与测序（一）
在高通量检测这个领域里，基因芯片和二代测序这对相爱相杀的cp，原本均是了解基因组结构和功能的绝佳高手，如今为了一争高下，又是闹的不开交。这不，基因芯片仗着自己老大哥的身份，手持一个二维的DNA探针阵列所形成的三维地图，以数以万计的探针做方向标，能按图索骥的找到基因组的特定位置，且结合完整成熟的指控分析手段能快狠准地筛选出所需基因，颇有几分笑傲江湖的气势。
然而，RNA测序技术作为后起之秀，不仅能轻而易举地解读由转录组组成的生命杂志，就连探索新的突变位点以及新基因之事也都不在话下。这锋芒毕露的架势，显然来势汹汹，眼瞅着就要把这些年略显沉寂的芯片老大哥给打压下去，成为高通量领域里独霸一方的势力了。
至此，进入看戏模式的吃瓜群众—科研者们，虽然表面看的热闹，其实内心深处也颇为纠结，万一哪天真要战队，我该支持谁呢?芯片与测序各有所长，均可大放异彩，到底谁才是笑到最后的那一个呢?
芯片vs测序，各领风骚
BMC Genomics 的一篇文章，似乎能为一众心有存疑的科研者们指点迷津。它以9对肺鳞状细胞癌配对样本为材料，分别用Affymetrix HumanTranscriptome Arrays 2.0 (HTA)(最新一代全转录本表达谱芯片)和IlluminaHiSeq 2000检测平台，以测序200 M reads为基础，深入比较了芯片和测序在转录本定量检测和可变剪切方面的情况。
首先，就检测基因覆盖范围而言，芯片和测序均可检测到Ensembl数据库中92%的mRNA和90%的lncRNA，可以说是不相上下，打成平局。
而在正常和肿瘤组织生物学重复比较分析，发现在低表达基因上，RNA-seq检测的样本可变性更大，而芯片则没有表达高低的偏好性，说明HTA芯片的稳定性比RNA-Seq更好。
至于灵敏度，依据检测信号分布强度(log2 intensity values)，HTA的变化范围在3到13之间，而RNA-seq则在-1到14之间，其动态范围更大，可减少一些漏网之鱼，然而对于一些短片度基因，却是芯片的检测效果更好一些。
而非配对差异分析结果中，在mRNA差异检出数量中，HTA对比RNA-seq分别是6173和4777(3683为共有);在lncRNA差异检出数量中，HTA对比RNA-seq分别是1219和892(376为共有)。
显然，对同样疾病样本在TCGA上的数据分析比较，差异基因中，无论是mRNA，还是lncRNA，芯片与TCGA吻合的基因数量更多。
