求教cDNA制备的一般方法
一、制备用于克隆cDNA的mRNA
1.Oligotex mRNA Kits (QIAGEN）法
2.磁珠法分离mRNA
注意：一般需要做mRNA完整性的检测（检查mRNA在无细胞翻译体系指导合成高分子量蛋白质的能力、mRNA分子的大小等）；如果用于制备cDNA文库则还需要检测mRNA在细胞中的丰度。
二、cDNA第一链的合成
1、oligo(dT)引导的DNA合成法: 利用真核mRNA分子所具有的poly(A)尾巴的特性,加入oligo(dT)短片段,由反转录酶合成cDNA的第一链.
2、随机引物引导的cDNA合成法 (randomly primed cDNA synthesis) :
根据许多可能的序列,合成出6-10个核苷酸长的寡核苷酸短片段(混合物),作为合成第一链cDNA的引物.在应用这种混合引物的情况下,cDNA的合成可以从mRNA模板的许多位点同时发生,而不仅仅从3'-末端的oligo(dT)引物一处开始.
三、cDNA第二链的合成
1、自身引导合成法:
单链cDNA的3'端能够形成发夹状的结构作为引物,在大肠杆菌聚合酶I Klenow或反转录酶的作用下,合成cDNA的第二链.
缺 点:
在以S1核酸酶切割cDNA的发夹状结构时,会导致对应于mRNA 5'端的地方的序列出现缺失和重排. S1核酸酶的纯度不够时,会偶尔破坏合成的双链cDNA分子.
2、置换合成法
原 理:
以第一链合成产物cDNA:mRNA杂交体作为切口平移的模板,RNA酶H在杂交体的mRNA链上造成切口和缺口,产生一系列RNA引物,在大肠杆菌DNA聚合酶I 的作用下合成cDNA的第二链.
优点:a)合成cDNA的效率高
b)直接利用第一链的反应产物,不需纯化
c)避免使用S1核酸酶来切割双链cDNA
3、引物-衔接头法
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