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外泌体研究深度剖析(二)

2020.4.28

案例2:外泌体lncRNA促进肾癌肿瘤细胞耐药性

肿瘤学顶级期刊Cancer Cell(IF:27.409)发表文章,阐述了疾病相关lncRNA参与肾癌耐药性及通过外泌体传播的生理机制,将外泌体lncRNA的研究又一次带到了大众视野中。首先作者通过高通量手段检测了野生型细胞和耐药型细胞中差异表达的lncRNA,并通过病人源性异种移植模型(PDX)鉴定到8条疑似致病lncRNA。将其中一条lncRNA-lncARSR (Activated in RCC with Sunitinib Resistance)敲除后,细胞耐药性显著增强。进一步研究表明lncARSR与肾癌细胞增殖、粘附等表型密切相关。作者研究发现,lncARSR主要存在于细胞外泌体中,并且耐药细胞外泌体lncRNA含量要远高于野生型细胞。作者随后通过RNA Pull Down实验证实核不均一性核糖核蛋白A2B1(hnRNPA2B1)负责包埋lncARSR进入外泌体。当提取耐药细胞外泌体孵育到野生型细胞后,野生型细胞胞内lncARSR含量增加,细胞耐药性增强。而胞内lncARSR主要发挥miRNA海绵功能,通过竞争性结合miRNA-34和miRNA-449,促进AXL和c-MET表达及下游STAT3、AKT、ERK信号通路的活化,最终导致舒尼替尼耐药性形成。

原文:Exosome-Transmitted lncARSR Promotes Sunitinib Resistance in Renal Cancer by Acting as a Competing Endogenous RNA

案例3:大脑创伤小鼠脑组织来源外泌体环状RNA表达

大脑创伤(TBI)具有极高的发病率和致死率,不同程度危害身体健康,目前对其致病机理,尤其是对神经系统造成伤害的分子机制尚不知晓。已知外泌体中富含环状RNA,一类新发现的环形非编码RNA,多数以miRNA海绵机制调控下游功能基因的表达。近日,Journal of Neurotrauma(IF=5.190)发表文章,研究了大脑创伤小鼠模型脑组织来源外泌体环状RNA的表达图谱,并对其功能进行了预测。作者首先分离小鼠脑组织,提取脑周质外泌体,依托二代高通量测序技术手段,进行了外泌体全转录组测序。作者共发现231个差异表达的环状RNA,155个上调,76个下调。通过GO及KEGG分析对其中外泌体环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与神经损伤修复,神经系统发育及神经信号传导相关,这些分子同时主要富集在cGMP-PKG信号通路。CircRNA-miRNA互作网络图揭示了环状RNA作用靶miRNA及可能的功能。本文首次研究了大脑创伤外泌体中环状RNA变化,为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子。

原文:Circular RNA expression alteration in exosomes from the brain extracellular space after traumatic brain injury in mice

针对上述优秀的研究文章,小编进行了一番总结,梳理了几条外泌体研究思路,希望可以给各位老师一些帮助。首先,从大范围来看,外泌体研究也可以分为三大思路,表达谱分子标志物分子机制方向。这三类研究均依托高通量测序揭示外泌体携带RNA分子对细胞功能造成影响。机制方向比较特殊,一种思路是直接研究差异外泌体RNA对细胞造成影响及分子功能;而另一种思路是将外泌体与研究细胞共培养后,对共培养及单独培养细胞进行测序,从而找到外泌体具体作用目的细胞靶基因。

三 云序生物外泌体研究最优选 

云序生物外泌体服务总流程

云序生物提供外泌体一站式服务流程,客户只需提供样品(血清、血浆、体液、细胞上清等),云序生物完成从外泌体抽提到后续测序分析所有服务。后续我们不仅为客户提供海量数据,更为客户甄别有效数据,提供出版级别经典图片。

云序生物外泌体提取服务

云序生物外泌体抽提均采用成熟商业试剂盒(Qiagen)抽提,在保证抽提外泌体质量及外泌体RNA浓度的情况下,最大程度保证提取样品均一性。云序生物针对不同客户需求有两类外泌体抽提服务方案。

一步法:一步到位,从血清、血浆、尿液、细胞上清等样品中直接抽提外泌体RNA。该方法省去单独提取外泌体的步骤,可以最大程度节省样本,得到高丰度RNA,满足测序要求。

两步法:该方法先从样本中富集外泌体,可进行外泌体鉴定等服务;之后再从外泌体中提取RNA进行测序,该方法样本损失较大,但可对富集的外泌体进行鉴定。

电镜鉴定 

外泌体在电镜下具有非常明显单层膜结构,30-100nm大小不一的茶托样结构(通常为茶托型或一侧凹陷的半球形)。

外泌体Western Blot鉴定

外泌体表面CD63、 CD9、TSG101 标记通过 western blot鉴定。

云序生物外泌体高通量筛选服务

云序生物提供市面上最全的外泌体检测服务,包括编码RNA及非编码RNA,以及外泌体包裹蛋白质组,云序生物均可提供一站式检测服务。

四 申请外泌体国自然小建议

开篇提到2018国自然申请马上截止,小编希望在这千钧一发之际这篇文章对各位老师有些微帮助。

1很多老师怀疑自己养的细胞能不能做外泌体研究,其实不用担心,外泌体已知是细胞之间传递信息的信使,细胞没有独立存在的,任何表型的改变(肿瘤侵袭,干细胞修复,组织再生,胚胎发育等)都是经过细胞传递,外泌体介导的。

2外泌体课题如何设计,如何显得新颖?物以稀为贵,科研亦是如此,外泌体国内研究起步较晚,本身就属于开拓阶段,越早进行外泌体RNA(蛋白质)表达谱分析越有利,有了表达谱数据的支撑,也便于尽早开展外泌体机制实验,有了这些数据作为硬实力保障,国自然申请必然不是难事。


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