CD测蛋白质二级结构的基本原理
1. CD测蛋白质二级结构的基本原理
蛋白质是由氨基酸通过肽链组成的具有特定结构的生物大分子。蛋白质中氨基酸残基的排列次序是蛋白质的一级结构，而肽链中局部肽段骨架形成的构象称为二级结构，二级结构是靠台联股价中的烫机上的氧原子和亚胺基上的氢之间的氢键来维系的，根据肽链的旋转方向与氢键之间的夹角不同，蛋白质的二级结构主要分为：α螺旋、β折叠、γ转角和任意度较大的无规卷曲几类。这些二级结构的不对称性，使蛋白质具有光学活性，也就具有特征CD谱。α螺旋在222 nm和208 nm处有负Cotton效应，表现出两个负的肩峰谱带，在靠近192 nm有一正的谱带。β折叠的CD谱在216 nm有一负谱带，而在195-200 nm有一正谱带。γ转角和无规卷曲都有特征的CD谱。根据所测得的蛋白质的CD谱，以及已知结构的标准谱图，可计算这几种二级结构的含量，从而推断出蛋白质的二级构象。
由于222和208 nm是α螺旋的特征峰，最早估计α螺旋的含量从这两点的平均椭圆度得到：
fα，222 = -（[θ]222 + 3000）/ 33000
或fα，208 = -（[θ]208 + 4000）/ 29000
其中，fα是α螺旋所含的残基与整个蛋白质分子的残基数的百分比；[θ]222和[θ]208分别只在222和208 nm时的摩尔椭圆度。其他常数是根据实验推出的经验值。由于上式仅考虑了单波长时α螺旋的贡献，而忽略了其它组分对[θ]的贡献，具有一定的误差，但可以利用上面两式做快速简单的推算。
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