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北京大学Nature子刊发布表观遗传新成果

2016.2.16

  来自北京大学的研究人员报告称,他们通过全转录组绘图揭示出了可逆及动态的N1甲基腺苷(N1 methyladenosine,m1A)甲基化组。这一重要的研究成果发布在2月10日的《自然化学生物学》(Nature Chemical Biology)杂志上。

  北京大学生命科学学院伊成器(Chengqi Yi)研究员是这篇论文的通讯作者。伊成器博士的主要研究领域是通过化学生物学、结构生物学、高通量测序等手段,对核酸修饰的生物功能及其生理调控机制进行研究。

  2015年伊成器研究员领导课题组取得多项突破性研究成果,一系列相关论文发表在Nature子刊杂志上。6月,伊成器领导北京大学的研究人员采用化学下拉(pulldown)方法揭示出了哺乳动物转录组的动态假尿嘧啶化 (pseudouridylation)。这一重要的研究成果发布Nature Chemical Biology杂志上(北京大学Nature子刊解析表观遗传修饰)。8月,伊成器研究员与罗彻斯特大学的Yi-Tao Yu、加州大学的John Karijolich合作,在权威期刊Nature Reviews Molecular Cell Biology 上发表文章,探讨了RNA假尿嘧啶化在转录组中的动态(北大学者发表Nature综述解析RNA修饰 )。9月,其与芝加哥大学的何川教授合作,开发出了一种非重亚硫酸盐方法,并利用这种方法以单碱基分辨率分析了小鼠胚胎干细胞(mESCs)中的全基因组5 -胞嘧啶甲酰(5-formylcytosine,5fC)。这一重要的研究成果发布Nature Methods杂志上(北京大学Nature Methods发布表观遗传重要成果)。

  在最新的Nature Chemical Biology论文中,伊成器研究员与合著者指出m1A是一种普遍存在的转录后RNA修饰,但当前对于它在mRNA中的丰度、拓扑结构及动态情况知之甚少。他们在新研究中证实m1A普遍存在于人类mRNA,m1A/A比例为~0.02%。

  基于m1A免疫沉淀法及m1A具有阻止逆转录的能力,研究人员开发出了一种m1A-ID-seq技术来进行全转录组m1A分析。m1A-ID-seq在mRNA和非编码RNA中鉴别出了来自600个基因的901个m1A峰,并揭示出了突出的特征:不同于最丰富的哺乳动物mRNA 修饰N6甲基腺苷(m6A),m1A富集于mRNA转录物的5′非翻译区。并且一种已知的DNA/RNA去甲基化酶ALKBH3可以消除mRNA中的m1A。最后,他们证实m1A甲基化作用动态响应刺激,还鉴别出了数百个压力诱导的m1A位点。

  作者们表示,他们开发出的新方法使得可以综合分析m1A修饰,为研究通过可逆及动态的m1A甲基化作用实现的潜在表观遗传调控的功能提供了宝贵的工具。

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