从流感病毒到SARS病毒精细的蛋白结构及其组装，从脑神经研究到乙肝防治基础理论的开拓，生物物理所的科学家们将兴趣与国家战略相结合，不断寻求并创造着重大突破，用基础研究的方式去解决国计民生重大问题，老百姓看得见、摸得着。同时积极发展技术研发队伍，孵化自主创新技术，着力促进基础研究和产业化之间的衔接，效果斐然。

　　知识创新工程三期，研究所以国家“十一五”科技发展规划、中科院人口健康领域战略布署及2050年发展路线图为指导，以提升科技自主创新能力为主线，围绕蛋白质科学和脑与认知科学的重大科学问题开展原创性研究；在学科布局调整与优化、体制机制改革和人力资源建设等方面取得显著成就，综合实力稳步提升，整体水平逐步跨入国际一流研究所行列。

　　“成绩和辉煌只能代表过去不能代表未来。中央已明确中科院要继续深入实施知识创新工程，以解决关系国家全局和长远发展的基础性、战略性、前瞻性的重大科技问题为着力点。我们研究所必须有忧患意识，要有所战略思考、搞好前瞻布局。”杨星科对《科学时报》记者恳切地说，“去年12月28日，全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥到我们研究所调研，并为中科院蛋白质科学中心大楼正式启用揭牌，指示我们要为提升我国的蛋白质科学研究水平，为促进生物科技和生物产业的发展、保障13亿人民的健康不断作出创新贡献，我们感到肩头的担子沉甸甸的。”