蛋白质组发现明星分子KRAS为胰腺癌“充电”新机制
来自德州大学的Giulio Draetta教授及其同事发现胰腺癌细胞表面的一种名为syndecan-1(SDC1)的蛋白质可以响应胞内KRAS的信号，并促进巨噬细胞的破坏作用。这项研究发表于最新的《Nature》杂志。
Letter | Published: 27 March 2019
Syndecan 1 is a critical mediator of macropinocytosis in pancreatic cancer
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-019-1062-1
肿瘤细胞有恶性无限增殖能力，而这种能力需要大量的能量来支持。很显然，常规的能量代谢频率并不能满足贪婪的肿瘤细胞，它需要借助巨噬破坏其他正常细胞才能满足其自身的能量供应。这种调控巨噬获得能量的机制尚不明确，是目前研究热点之一。
胰腺导管腺癌（PDAC）是一种恶性程度很高，诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤。90%胰腺导管癌中存在Kras突变。这种突变会通过尚不明确的机制激活肿瘤微环境的巨噬细胞，并促进巨噬细胞的胞吞作用。
为了准确地找到胰腺导管腺癌的代谢，Giulio Draetta团队发起了挑战。他们构建了Kras开放和关闭状态下的模型，并通过蛋白组学技术，广泛筛选与研究KRAS相关的细胞表面蛋白，以期寻找治疗胰腺癌的新靶点。
探索攻略
实验材料：PDAC小鼠模型细胞-- Kras OFF vs Kras ON
1、定量蛋白组分析Kras信号传导带来的变化
为了探讨Kras信号传导带来的细胞表面蛋白表达变化，研究团队利用SILAC定量蛋白质组技术比较了Kras OFF与Kras ON差异。此次分析共获得221个差异表达的蛋白，其中196个蛋白上调，25个下调。
2、生信分析讨论功能与通路
IPA（Ingenuity pathway analysis）分析显示，许多上调表达蛋白参与PDAC被激活的生物过程，包括轴突导向信号通路，这个结果支持了KRAS*是PDAC分子重编程的主要驱动因素的观点。
3、锁定关注蛋白
研究人员选择了在人源PDAC细胞系中同样存在的110个蛋白，以及37个在细胞表面高表达的基因，构建了一个shRNA文库，并以此构建小鼠模型。
进一步分析发现硫酸肝素蛋白聚糖家族中的SDC1在Kras表达过程中，在质膜上显著富集。
而在蛋白组分析结果中，SDC1也同样高度富集。因此，研究人员在后续研究中，锁定了SDC1作为关注蛋白。
4、关注蛋白功能验证
后续验证实验表明，SDC1的缺失可以显著抑制皮下异种移植瘤的生长，也会抑制肿瘤细胞的克隆形成和致瘤性。
种种实验结果均说明了iKras*肿瘤细胞表面的SDC1对疾病进展至关重要。而它的工作方式则是通过调控巨胞饮为肿瘤细胞的生长提供能量。
小结
该研究利用蛋白组学技术广泛检测了因Kras状态改变而引起的细胞表面蛋白变化。
在差异蛋白中层层筛选，获得关注蛋白，并进行了大量的功能验证，最终在KRAS*信号传导和PDAC中驱动营养回收通路的靶分子之间建立了一种机制联系。
也为后续的肿瘤研究提供了通过分析表面蛋白表达差异，寻找癌症特异性弱点的策略。
