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深度盘点：回顾2021年肿瘤/癌症领域组学研究进展~

鹿明生物

2021.12.21

编者按

癌症作为死亡率最高的疾病之一，可每年造成世界上超1000万人死亡[1]。根据世界卫生组织2020年的癌症报告，每五人中就有一人将在一生中患癌。幸运地是，通过早发现、局部疾病控制和辅助治疗，许多实体肿瘤患者的5年生存率有所提高[2]。同时，随着研究的不断发展，对癌症的认识也不断加深；蛋白组学和代谢组学作为两种重要的组学技术，近年来也越来越多地应用于癌症研究当中。值得欣慰的是，在2021年肿瘤/癌症领域的研究硕果累累，屡屡登上SCN顶刊，取得了重大突破~

本期鹿明生物学术团队系统的整理了蛋白组学/代谢组学肿瘤/癌症相关的研究成果，希望能给2022投稿的老师一些参考！

·肿瘤/癌症：多组学文章投稿TOP10期刊汇总

·2021年重磅文献简读，了解顶刊写文思路；

·如何选择合适的组学技术助力课题研究？

蛋白组学

经过鹿明生物学术团队的不完全统计，2021年肿瘤/癌症领域涉及蛋白组学文章共计2232篇；小鹿也对文章的影响因子（IF）分布以及TOP10期刊发表的量进行汇总；具体如下：

数据统计来源：

(leukemia OR lipomyoma OR adenoma OR papilloma OR sarcoma OR carcinoma OR melanoma OR cancer OR tumor OR tumour) AND (metabolome OR metabolic profile OR metabolomics[Title/Abstract] )

代谢组学

经过鹿明生物学术团队的不完全统计，2021年肿瘤/癌症领域涉及代谢组学文章共计1720篇；小鹿也对文章的影响因子（IF）分布以及TOP10期刊发表的量进行汇总；具体如下：

数据统计来源：

(leukemia OR lipomyoma OR adenoma OR papilloma OR sarcoma OR carcinoma OR melanoma OR cancer OR tumor OR tumour) AND (proteome OR proteomic profile OR proteomics[Title/Abstract] )

重磅文献简读—了解顶刊写文思路

小鹿整理了部分蛋白组学/代谢组学癌症/肿瘤领域的期刊分享，希望给您的课题研究提供一些思路~

肺鳞状细胞癌的蛋白质基因组学研究

英文标题：A proteogenomic portrait of lung squamous cell carcinoma

发表期刊：Cell

影响因子：41.582

研究对象：肺鳞状细胞癌

发表时间：2021年8月

运用生物技术：蛋白基因组学分析、翻译后修饰（磷酸化、乙酰化和泛素化）

自2020年Cell 杂志同时在线发表了三篇国内外研究者关于肺腺癌蛋白质组学的最新研究成果，描绘了肺腺癌的蛋白质组表达谱图，发现了肺腺癌精准治疗的新靶点后。2021年发表在国际顶级学术期刊Cell研究者通过搜集108例未经治疗的原发性肺鳞状细胞癌的肿瘤组织和对应的癌旁组织进行蛋白基因组学分析，并首次涵盖了翻译后修饰，包括磷酸化、乙酰化和泛素化。研究全面揭示了肺鳞状细胞癌的蛋白组学特征，并发现了肺鳞状细胞癌精准治疗的多个新靶点，具有极为重要的临床指导意义。

胰腺导管腺癌的蛋白质基因组学特征

英文标题：Proteogenomic characterization of pancreatic ductal adenocarcinoma

发表期刊：Cell

影响因子：41.582

研究对象：胰腺导管腺癌

发表时间：2021年9月

运用生物技术：全外显子组测序(WES)、全基因组测序 (WGS)、RNA测序(RNA-seq)、microRNA测序(miRNA-seq)、DNA甲基化组、TMT蛋白质组、磷酸化蛋白质组和糖蛋白质组

本篇为2021年9月16日，美国约翰霍普金斯大学张会（Hui Zhang）、贝勒医学院章冰（Bing Zhang）、圣路易斯华盛顿大学Li Ding等多个机构的合作团队在顶刊Cell发表的文章，研究人员通过对PDAC、癌旁组织和正常胰腺导管组织进行全面的基因组大数据分析，进行了全外显子组测序(WES)、全基因组测序 (WGS)、RNA测序(RNA-seq)、microRNA测序(miRNA-seq)、DNA甲基化组、TMT蛋白质组、磷酸化蛋白质组和糖蛋白质组并产生了八组组学数据，确定了潜在的PDAC治疗靶点和早期诊断标志物。他们对140例胰腺癌、67例正常癌旁组织和9例正常胰腺导管组织进行了全面的组学分析，在多个组学水平上揭示了驱动PDAC表型的分子特征，为PDAC早期检测和识别新的治疗靶点铺平道路。

人类恶性胶质瘤的蛋白基因组学和代谢组学图谱

英文标题：Proteogenomic and metabolomic characterization of human glioblastoma

发表期刊：Cancer Cell

影响因子：31.743

研究对象：人胶质母细胞癌

发表时间：2021年2月

运用生物技术：全基因组测序（WGS）、全外显子测序（WES）、全转录组测序（RNA-seq）、小RNA测序（miRNA-seq）、单细胞核测序（snRNA-seq）、DNA甲基化芯片、蛋白质组学、修饰（磷酸化，乙酰化）蛋白质组学、代谢组学、脂质组学等

研究思路：

粪便宏基因组和血清代谢组的整合分析揭示肠道微生物组相关代谢物在结直肠癌和腺瘤检测的作用

英文标题：Integrated analysis of the faecal metagenome and serum metabolome reveals the role of gut microbiome- associated metabolites in the detection of colorectal cancer and adenoma

发表期刊：Gut

影响因子：23.059

研究对象：人粪便，血清，组织

发表时间：2021年8月

运用生物技术：AFADESI-MSI空间代谢组学、LC-MS非靶代谢组、宏基因组、靶向代谢组学(其中宏基因组由欧易生物完成，空间代谢组学由贺玖明教授团队提供技术支持)

研究思路：

CCN2的自噬降解导致舒尼替尼的心脏毒性

英文标题：Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib

发表期刊：Autophagy

影响因子：16.016

研究对象：小鼠

发表时间：2021年8月

运用生物技术：iTRAQ蛋白质组学(由鹿明生物提供技术支持)、动物模型、功能实验、免疫组化、Western blot、qPCR、免疫荧光、流式分析、免疫沉淀

研究思路：

（点击图片查看大图）

参考来源：

[1] Zaimy MA, Saffarzadeh N, Mohammadi A, Pourghadamyari H, Izadi P, Sarli A, Moghaddam LK, Paschepari SR, Azizi H, Torkamandi S, Tavakkoly-Bazzaz J. New methods in the diagnosis of cancer and gene therapy of cancer based on nanoparticles. Cancer Gene Ther. 2017 Jun;24(6):233-243. doi: 10.1038/cgt.2017.16. Epub 2017 Jun 2. PMID: 28574057.[2] Klein CA. Cancer progression and the invisible phase of metastatic colonization. Nat Rev Cancer. 2020 Nov;20(11):681-694. doi: 10.1038/s41568-020-00300-6. Epub 2020 Oct 6. PMID: 33024261.

文末看点 | lumingbio

上海鹿明生物科技有限公司多年来，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组学和代谢组学为基础的多层组学整合实验与分析的团队。目前在多层组学研究已经有了成熟的技术方法，欢迎各位老师前来咨询哦~