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免费数据库第三波！代谢组学用户看过来~

沃特世

2023.9.21

与蛋白组学不同，代谢组学化合物的鉴定高度依赖于相应的专业数据库。Progenesis QI软件是沃特世出品的专业代谢组学数据处理软件，提供了代谢组学数据处理的全流程工具。其中，代谢物注释（鉴定）流程提供了相当丰富的数据库资源。

下面，小编就向大家介绍Progenesis QI软件中常用的免费代谢组学数据库，有需要的小伙伴滑至文末扫描二维码，留下您的需求，小编会将下载链接发送给您。

Progenesis QI SDF 数据库

HMDB数据库（人类代谢组）

包含人体内发现的小分子代谢物的详细信息。它旨在用于代谢组学，临床化学和生物标志物发现应用。该数据库包含或链接了三种数据:1)化学数据，2)临床数据和3)分子生物学/生物化学数据。该数据库涵盖了220,945个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物。

Lipidmaps数据库

由美国国立卫生研究院(NIH) 创立的脂质数据库，是目前最权威的脂质数据库，收录了超过4万种脂质的结构、谱图和分类信息。

Serum_Metabolites血清代谢组数据库

由阿尔伯塔大学计算科学与生物科学系的David Wishart提供支持。数据库集成到人类代谢组数据库（HMDB）中，允许用户以不同的视图、代谢物、浓度和疾病浏览数据。用户可以看到化合物的基本信息、化合物的浓度以及与这些浓度相关的条件。目前包括了25,411种化合物。

NP Atlas天然产物数据

由一个来自世界各地的数据管理员组成的联盟创建的，由加拿大温哥华西蒙弗雷泽大学罗杰·林顿的研究小组进行维护。天然产物数据库旨在涵盖所有同行评审过的科学文献中的微生物衍生的天然产物。其包括的化合物来自细菌，真菌，蓝藻，地衣和蘑菇。目前，数据库已涵盖大于25,000个化合物。

Progenesis QI ChemSpider检索

针对另外四个常用数据库KEGG、DrugBank、SMPDB和FooDB，我们可以通过Progenesis QI 的ChemSpider检索工具在线检索。DrugBank包含约2,832种药物和800种药物代谢物的信息，SMPDB包含约132,335种人体代谢、药物和疾病途径以及约60,628种其他生物途径的途径图，而FoodB包含约70,000种食品成分和食品添加剂的信息。

图1. ChemSpider在线检索工具。

图2. 检索到的每一个待选注释都具有理论碎片匹配及其碎片匹配分数。

Progenesis QI METLIN MS/MS数据库（收费）

由Gary Siuzdak教授创建的METLIN代谢物数据库是当今世界上最全面和最广泛使用的代谢物数据库之一，代表了在多种碰撞能量和正、负电离模式下产生的代谢物数据的最大MS/MS合集。Waters MS/MS库包括超过240,000种不同的化合物，其中超过85,000种化合物通过测量MS/MS单独分析，其他化合物具有理论碎片。最重要的是，每个化合物都具有预测的碰撞横截面积（CCS值），能够实现完美的化合物鉴定。