方法：质谱法
原理：
一、利用MALDI-TOF质谱仪
根据肽质量指纹图谱(Peptide Mass Fingerprinting, PMF)与蛋白质数据库中蛋白质的理论PMF比对，就可以鉴定该蛋白质。
优点：速度快，通量高，方法简便。
缺点：
灵敏度不足，可检测到的肽段少，对数据库检索是不利的。
肽段分子量精确度往往不够理想，影响鉴定结果。肽段分子质量在2000以上时，在MALDI-TOF-MS中的分辨率会有所下降。蛋白质数据库仍不完善。
二、利用ESI-MS质谱仪
由于MS/MS具有结构分析功能，可以获得检测到的每一肽段的序列。根据一级质谱(MS)测得的精确分子质量和串联质谱(MS/MS)所得的序列信息，通过蛋白质数据库的检索鉴定蛋白质种类。
优点：
通过串联质谱大大增加了蛋白质鉴定的准确性。
对图谱的精确度和分辨率要求不如PMF高。
采用纳升喷雾提高检测的灵敏度。
缺点：
通量与速度不如MALDI。
数据库检索比较费时。
仪器：
BrukerAutoflex Ⅱ（MALDI-TOF-TOF-MS）；Finnigan LCQ Deca XP / Finnigan LTQ
样品要求：
1、防止角蛋白污染
2、样品状态：液体、固体或胶内蛋白质（接受考马斯亮兰染色和银染样品鉴定）
3、含盐量： 挥发性无机盐< 20 mM; 不挥发性无机盐< 5mM
4、不少于200 ug /一块胶（银染）；
5、胶内蛋白质鉴定，蛋白质样品量不少于1mg/一块胶（考马斯亮兰染色）
蛋白质鉴定结果常见问题：
1、由于角蛋白等蛋白质的污染，造成鉴定为污染蛋白。
2、由于蛋白量过少引起鉴定结果的评分低，可信度不高。
3、由于蛋白质纯度不足，造成鉴定结果为混合蛋白质。
4、由于蛋白质为未知蛋白，造成鉴定无结果。
注意事项：
1、推荐采用考马斯亮兰染色。因为该方法的成功率较高，而银染的成功率则会低很多。
2、银染的方法为快速银染法。常规银染法不适用质谱鉴定。
3、考马斯亮蓝染色样品的上样量>1mg
4、银染法得上样量>0.6mg
我们发表的论文：
- Li-Rong Yu, Xiao-Xia Shao, WL Jiang, Dan.Xu, YC Chang, Yong-Hua Xu, Qi-Chang Xia. Proteome alterations in human hepatoma cells transfected with antisense epidermal growth factor receptor sequence. Electrophoresis, 2001, 22:3001-8 [pdf]
- Li-Rong Yu, Rong Zeng,Xiao-Xia Shao, Nan Wang, Yong-Hua Xu, Qi-Chang Xia. Identification of differentially expressed proteins between human hepatoma and normal liver cell lines by two-dimensional electrophoresis and liquid chromatography-ion trap mass spectrometry. Electrophoresis, 2000, 21:3058-68 [pdf]
客户发表的论文
- Xu-Dong Liu, Bing-Fang Zeng, Jian-Guang Xu, Hai-Bo Zhu and Qi-Chang Xia. Proteomic analysis of the cerebrospinal fluid of patients with lumbar disk herniation. Proteomics 2006, 6, 1019–1028
- Chen Li, Ye-Xiong Tan, Hu Zhou, Shi-Jian Ding, Su-Jun Li, Dan-jun Ma, Xiao-bo Man, Yi Hong, Lei Zhang, Long Li Qi-Chang Xia, Jia-RuiWu, Hong-YangWang and Rong Zeng. Proteomic analysis of hepatitis B virus-associated hepatocellular carcinoma: Identification of potential tumor markers. Proteomics 2005, 5, 1125–1139
- Shi-hai Jia, Mu-wang Li, Bo Zhou, Wen-bin Liu, Yong Zhang, Xue-xia Miao, Rong Zeng, and Yong-ping Huang. Proteomic Analysis of Silk Gland Programmed Cell Death during Metamorphosis of the Silkworm Bombyx mori. Journal of Proteome Research Published on Web 07/04/2007