采用柔性分子对接技术模拟蛋白质在疏水作用色谱上的保留行为

上一篇 / 下一篇  2008-10-19 23:20:44/ 个人分类:蛋白质

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摘要 将蛋白质疏水作用色谱(HIC)固定相相互作用分为直接非键/构象作用和蛋白质表面疏水效应两个热力学过程, 从而定量给出了处于浓盐析盐水溶液中HIC 保留时间与配基/蛋白质结合自由能之间的二元线性关系. 通过ICM柔性分子对接策略及遗传算法(GA)对27 个已知晶体结构的蛋白质与疏水配基的可能结合方式进行模拟和分析, 所得结果与实验观测情况吻合良好. 研究表明, 蛋白质局部疏水效应以及配基与蛋白质的非键/构象作用皆对HIC 色谱保留行为影响显著, 且作用区域多集中于蛋白质表面突出部位.



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TAG: 色谱蛋白质疏水作用柔性分子对接遗传算法盐溶因子

 

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