一种改进的研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势方法

摘要  在原子水平上发展了一种距离相关的用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势(potential of mean   force,  简称 PMF)方法.  与传统理论模型相比,  我们的模型考虑了蛋白质系统的复杂环境因素.  这种改进使得该模型能够给出物理上更合理和准确的势函数形式.  得到这样的势函数是正确描述蛋白质结构及相互作用的前提条件.  而且借助于改进后的方法,  还可以对蛋白质中残基相互作用的空间拓扑规律进行研究. 期望这种改进将促进平均势方法在蛋白质科学其他领域,  如蛋白质折叠识别,  结构预测及热稳定性预测中的应用和发展.