m6A RNA甲基化测序

m6A RNA甲基化测序

RNA甲基化是当今热门的研究领域之一，2017年共有125篇m6A相关文献发表。而今年更是井喷式增长，截止目前，已发表144篇文献，其中不乏nature，cell等期刊。m6A的功能也是十分强大，涉及生长发育的各个方面。

概述

m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA中常见的一种转录后修饰。早在上世纪70年代，人们就已经在真核生物的mRNA和lncRNA中发现了m6A修饰。已知绝大部分真核生物中，mRNA 5’UTR区域发生的甲基化修饰，在mRNA剪接、编辑、稳定性、降解、多腺苷酸化等方面发挥重要功能；而3’UTR区域发生的甲基化修饰有助于mRNA的出核转运、翻译起始以及与polyA结合蛋白一起维持mRNA的结构稳定。

m6A甲基化酶

在mRNA中，大约有少量的Adenine发生甲基化，平均每条mRNA有3-5个m6A位点。大多数RNA甲基化酶的识别位点为RRACH，也有报道为[G/A/U][G>A]m6AC[U>A>C]。m6A甲基化修饰被证明是可逆的，由甲基化转移酶 （Writers）、去甲基化酶 （Erasers）和甲基化阅读蛋白（Readers）等共同参与。
 

m6A甲基化酶广泛参与哺乳动物的发育，免疫，肿瘤生成和转移，干细胞更新，脂肪分化等生命过程。METTL3和METTL14能促进造血干细胞的自我更新，并且在成胶质细胞瘤以及肝癌中调控体内m6A水平；FTO是发现的m6A去甲基化酶，对单链，双链RNA和DNA都具有去甲基化功能，主要作用于基因内部的m6A位点，作为致癌基因促进白血病的发生；另外，FTO与脂肪发育密切相关；ALKBH5能增强其靶基因FOXM1的表达，维持胶质瘤干细胞的生长；YTHDF1, YTHDF3和YTHDC2通过提高m6A翻译器的效率从而促进蛋白质的合成， 而YTHDF2， YTHDF3和YTHDC2特异性识别发生m6A的mRNA，并介导mRNA的降解。

m6A的检测

目前，在全转录组范围检测m6A修饰的主流技术是MeRIP-seq（m6A-seq），该技术使用N6-甲基腺嘌呤抗体富集高甲基化的RNA片段，然后结合高通量测序，在全转录组范围检测m6A修饰。

实验流程

分析流程

参考文献

1 Deng X, Su R, Weng H, Huang H, Li Z, Chen J. (2018).RNA N6-methyladenosine modification in cancers: current status and perspectives. Cell Research. 28(5):507-517.
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3 Roundtree IA, Evans ME, Pan T, He C. （2017）.Dynamic RNA modifications in gene expression regulation. Cell 169(7): 1187-1200.
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5 Alarcón, C. R., et al. (2015).N6-methyladenosine marks primary microRNAs for processing. Nature 519.7544:482.

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