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选择相关清除作用(selective sweep)是指由于某一位点或座位(locus)受到强选择后,其周围位点因受该位点牵连而发生基因多态性(gene polymorphism)或杂合性(heterozygosity)降低的现象。某个位点发生突变,突变后的位点因对物种在特定的情况下有利或者受到了人为的选择(selection),那么该突变位点在群体中的出现频率必然提高,但是其附近和它处在同一个单倍型/单元型(haplotype)或者同一区域(block)的其他多态位点同样跟着受到了选择,频率也发生了提高,也就是该单倍型或区域内的其他多态位点的某一多态形式比率(rate)大大提高,经过若干代后,群体中没有被选择保留的位点被逐步清除掉,而整个相关区域的多态性降低了。
(1)全基因组重测序杂合率分布统计 (2)选择清除作用(selective sweep)分析
全基因组重测序是zei全面完整获取待研究物种样本基因组结构信息的研究策略。它可以获取全部基因组变异体结构,包括点突变SNP/短插入缺失(indel),基因组重排导致的结构变异(SNV),拷贝数变异(CNV), 杂合性缺失(LOH),重复区段(SD),以及重组热点区域(Recombination Hot spots)等基因组特征和规律。基于精确稳定的Hiseq2500高通量测序平台,凭借多年稳定信息学研究分析经验,惠研生物(BioGenius)可利用基因组测序数据进行重排突变和基因组结构功能分析; 全基因组关联分析与数量性状(QTL)分析;并可整合多方面基因组学数据做关联分析,包括转录组学数据,表观组数据等,可配合比较基因组学,群体遗传学分析技术,进化分析和计算生物学分析方法深入探索感兴趣的科学问题。
全基因组适用于:
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