超急性期HIV-1感染多细胞免疫动力学的单细胞综合分析
细胞免疫是控制细胞内病原体的关键，但在进化的人类免疫反应中，个体细胞动力学和细胞-细胞协同性仍然知之甚少。单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一个强有力的工具，可以用来分析健康和疾病中复杂的多细胞行为，并鉴定可测试的治疗靶点。将其应用于纵向样本可以提供一个揭示与疾病进展演变相关的细胞因子的机会，而不会潜在地混淆个体间的多样性。
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为此来自哈佛和MIT等单位的研究人员提出了一种实验和计算方法，使用scRNA-seq来描述动态细胞程序及其分子驱动因素，并将其应用于HIV感染。通过对急性感染前和急性感染期间的四个未治疗个体的外周血单核细胞进行scRNA-seq检测，研究人员在每个个体内部发现了随时间和细胞亚群而变化的基因反应模块，相关研究成果于近日发表在Nature Medicien上，题为"Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection"。
除了先前未被发现的细胞类型特异的干扰素刺激基因上调，研究人员还描述了在批量测试中难以观察到的瞬时基因表达反应，包括那些参与促炎的T细胞分化，单核细胞主要组织相容性复合体II上调延长和持久的自然杀伤(NK)细胞的细胞溶解能力。
研究人员进一步确定了在感染的最初几周内出现的反应特征，例如增殖的自然杀伤细胞，这可能与未来的病毒控制有关。总之，这项研究提出的方法提供了一个统一的框架来描述多种动态细胞反应及其相互协调。
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