采用 RNA ScreenTape 分析法进行 DV200 评估（一）
摘要
RNA 测序文库制备工作流程的成功与否在很大程度上取决于 RNA 起始材料的质量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法获得的 RNA 完整值当量 (RINe) 是一种评估标准 RNA 测序的样品完整性的可靠且可重现的指标。由于 RNA 降解以及样品体积有限，从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取 RNA 样品进行文库制备具有挑战性，因此建议针对 FFPE RNA 文库制备采用定制方案。FFPE RNA 样品的片段大小分布对文库产率具有重要影响，可以将其描述为大于 200 个核苷酸的 RNA 片段所占的百分比，用 DV200 质量指标来表示[1]。Agilent RNA ScreenTape 和安捷伦高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法有助于对从 FFPE 组织中提取的降解 RNA 样品进行高可重现的 DV200 评估。Agilent TapeStation 分析软件能够通过区域分析对 DV200 数据进行简单评估和处理，自动进行重复 DV200 分析。
技术详情
使用配有 Agilent TapeStation 分析软件（A.02.02版）的 Agilent 4200 TapeStation 系统。RNA ScreenTape（部件号 5067-5576）和试剂（部件号 5067-5577 和5067-5578），以及安捷伦高灵敏度 RNA ScreenTape（部件号 5067-5579）和试剂（部件号 5067-5580 和 5067-5581）均购自安捷伦科技公司。除非另有说明， 否则所有分析均按照生产商的方案和指南进行。采用 ScreenTape 分析法对所有样品进行分析，每个胶条包含梯度分子量内标上样。从 FFPE 组织中提取的 RNA 样品由国家肿瘤疾病中心（简称 NCT，位于德国海德堡）组织库友情提供，此过程符合组织库的规定，并得到了海德堡大学伦理委员会的批准。
数据分析
DV200 表示大于 200 个核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比。通过定义大于 200 个核苷酸的区域，可以利用 TapeStation 分析软件计算得出 DV200。该软件提供了区域设置的多种方式，适用于从低到高的各种样品通量。如需了解更多信息以及关于区域分析的演示视频，请咨询安捷伦信息中心(AIC)。
单个样品的区域设置
为单个样品定义 DV 200 区域，请单击 Region，然后右键单击电泳图以添加区域。可以通过向左或者向右滑动来单独调节区域边界。
数据文件的区域设置
如果要将 DV 200 区域定义为默认适用于单个数据文件中所有样品，请单击 Region，然后单击 Region Settings，在对话框中输入区域下限和上限（图 1）。如需在电泳图中识别该区域，请输入DV200 作为区域注释。要将该区域应用于现用文件中的所有样品，请选择 This File。
自动区域设置
要将 DV200 区域定义为默认适用于所有重复的 FFPE RNA 样品分析，请单击 Region，然后单击 Region Settings，在对话框中输入区域下限和上限（图 1）。如需在电泳图中识别该区域，请输入DV200 作为区域注释。要将该 DV200 区域应用于与现用文件分析方法相同的所有文件，请选择 Assay Files。
DV200 区域定义完成后，每个样品的值将显示在区域表中的 % of Total 列（图 2）。可以通过选中区域表，导出所有区域数据并生成报告。请注意，TapeStation 分析软件的区域表、导出文件和报告中显示的浓度，是指所定义区域的浓度；总样品浓度显示在样品表中。
