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采用 RNA ScreenTape 分析法进行 DV200 评估(二)

2020.4.10




结果与讨论

重现性

对三个 FFPE RNA 样品进行五次独立重复测定,以对采用 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法获得的 DV200 重现性进行验证。两种方法均表现出较高的重现性,CV 小于 5%(图 3)。



浓度依赖性

采用 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法对三个单独 FFPE RNA 样品的系列稀释溶液进行分析,以确定 DV200 分析的一致性(表 1)。RNA ScreenTape 分析法和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法获得的 DV200 均表现出较高的精确度,其CV 值小于 5%。



如图 4 所示,系列稀释溶液分析表明, 当测量浓度高于特定分析浓度范围下限时,DV200 评估是最精确的。



严重降解的 FFPE 样品可能会下移到靠近下位分子量内标处,而不能完全与下位内标分离,特别是在样品浓度接近特定定量范围上限时。在这种情况下,稀释样品产生的 DV200 结果更为准确(见图 5)。

分析方法比较

采用 RNA ScreenTape 分析法对来自不同人体组织的 20 个 FFPE RNA 样品进行分析,然后将样品按 1:20 的比例稀释,再用高灵敏度 RNA  ScreenTape  分析法进行分析。RNA 分析法获得的 DV200 范围为 40%–74%,而用高灵敏度 RNA 分析法分析相应样品的结果为这些值的 101±5%。为了验证 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法测得的 DV200 的可比性,将两种方法得到的值绘制在一起,如图 6 所示。

结论

Agilent RNA 和安捷伦高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法,结合 Agilent 4200 TapeStation 系统,可以轻松快速地对FFPE RNA 样品进行质量分析。Agilent TapeStation 分析软件在进行区域设置后 DV200 以总百分比显示。RINe 算法不会影响 DV200 的计算。由 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape  分析法计算得到 DV200 具有较高的重现性,两种方法得到的结果 高度一致。为了获得最佳性能,建议与样品一起进行梯度分子量内标分析。在特定分析范围内,系列稀释溶液的 DV200 具有一致性。对于未能与内标有效分离的高度降解样品,应对其进行稀释以获得最准确的结果。

参考文献
1.     Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina Technical Note, publication number 470-2014-001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote- truseq-rna-access.pdf

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