线粒体DNA标记的优点和问题
线粒体基因是系统发生生物地理学研究中最常用的分子标记。
其优点是：
1）进化速度快；
2）单拷贝，缺少类似于核基因的重组；
3）具有可用于不同类群的通用引物；
4）线粒体DNA能更有效的揭示单倍型和种群的历史。
虽然线粒体DNA标记在研究中有较多的优点，但仍存在一些问题（同样也是核基因标记的优点）：
1）由于线粒体基因组以一个整体遗传，缺少重组，虽然不同的基因可以揭示不同水平的变异，但不能被解释为不同的遗传座位；
2）由于其单倍体特性和母系遗传，mtDNA较核DNA有效种群大小要小，在一个种群中，单个线粒体单倍型频率的波动大于核DNA等位基因，因此线粒体DNA对奠基者效应和小种群更加敏感；
3）由于其母系遗传特性，当用于基因流研究时，雄性扩散所带来的影响往往被忽略。如果雄性和雌性迁移和定居的能力不同时，线粒体DNA的研究结果可能导致对种群迁移历史的错误解释。相反，核DNA可以同时考虑雄性和雌性的影响。
推荐
