单细胞mRNA测序揭示早熟树突状细胞在炎症反应中的作用
单细胞mRNA测序揭示早熟树突状细胞在炎症反应中的作用
——研究表明单细胞测序在发现通常隐藏在海量细胞样本中的稀有细胞群的重要性
波士顿和南旧金山，加州，2014年6月30——在本月Nature上发表的一篇文章中，Broad 研究所和FLUIDIGM的科学家使用C1TM单细胞自动制备系统制备细胞用于单细胞测序，发现在受到相同抗原刺激的树突状细胞群体中有一个亚群的早熟细胞更早地表达抗病毒基因。 由于通常情况下是在海量细胞中进行平均的检测，这些早熟的细胞是无法被发现的。基于FLUIDIGM和Broad研究所在单细胞基因组学的贡献，这一发现将使研究者可以探索机体在受到外源攻击时，这些早熟的细胞如何调控机体的免疫反应。
Nature的文章同样也着重指出细胞异质性的作用及其在免疫反应中的胞间通讯的重要性。在通常的实验中，细胞在一个环境中被一起研究，允许细胞间的通讯和传递信号。然而，FLUIDIGM的C1TM单细胞自动制备系统的独有特性允许研究者分离单一细胞来发现那些表达抗病毒基因的特定细胞。因为这些特定的细胞被分离了，那些不表达抗病毒基因的细胞就不会引起免疫反应，这表明胞间通讯在免疫反应中起到至关重要的作用。
除了发现稀有的细胞亚群以外，这一研究为单细胞研究的数据树立了一个新的标准。在文章中发表的1774个细胞的数据是目前为止最大的单细胞基因组数据，也是最大的单细胞mRNA测序数据。
为了发现和描述这些只占树突状细胞群1%的稀有的早熟细胞，研究者需要按比例放大到很高数量的细胞。为了达到这个目的，他们首先需要解决两个关键问题：怎样制备含有成千上万个细胞的单细胞文库，以及怎样在可承受范围内对如此大量的样本进行测序。
为了制备数目巨大的单细胞文库，研究者依靠实验开始时刚刚上市的C1TM单细胞自动制备系统。C1™系统的微流控技术使得研究者能快速和可靠地分离，处理和研究单一细胞用于基因组学分析。在研究中，科学家们发现可以用少于100万的读长获得稳定的单细胞的数据（通常做海量mRNA测序需要500万到1000万的读长）。科学家们能更快地获得稳定的数据大大降低了实验运行的成本。
要获得完整的文章——Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation, Nature. 2014 Jun 19;509(7505):363-9
单细胞基因组学倡议
在2012年，Broad研究所的基因组学平台和FLUIDIGM（NASDAQ:FLDM）建立了单细胞基因组学倡议用于加速哺乳动物单细胞基因组学研究方法的开发和结果的发现。单细胞基因组学倡议也是在许多包括干细胞和肿瘤生物学在内的前沿领域的单细胞基因组学研究者之间进行合作的桥梁。倡议的机构位于麻省剑桥的Broad研究所，在那里有全套的富鲁达单细胞工具，实验流程和技术，最引人注目的就是C1TM单细胞自动制备系统和BioMark HDTM系统。
技术
FLUIDIGM的C1TM单细胞自动制备系统是基于公司开创性的微流控技术，这一技术使研究者们能快速和可靠地分离，处理和描述单个细胞用于基因组学分析。科学家们可以用一种技术抽提，反转录，扩增并最终检测和分析细胞活性，从而降低不同平台技术带来的差异。
在这篇最近发表的文章中的实验，一共用到了5套C1TM单细胞自动制备系统，从1774个细胞中产生了有生物意义的数据。
这篇文章是第10篇C1TM单细胞自动制备系统上发表的文献。
关于富鲁达
富鲁达（NASDAQ:FLDM）为像单细胞生物学和生产基因组学等的高增长市场开发，生产和市场化生命科学分析和制备系统。我们销售给全球顶尖的科研院校，临床实验室，制药公司，生物技术公司以及农业生物技术公司。我们的系统是基于ZL的微流控和多参数流式质谱仪技术，产品设计时大大简化了实验流程，提高了通量并降低了成本，同时又能提供优秀的数据质量。富鲁达产品仅供研究用途。不可用于诊断步骤。
