能预测碱基编辑效果的新模型开发成功
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）动物表观基因组学创新团队研发出一种预测碱基编辑效果的新模型，该模型大幅提升了预测碱基编辑器在基因组内源靶位点编辑效果的准确性。相关研究成果发表在《细胞发现》（Cell Discovery）上。
碱基编辑技术是一种新兴的基因编辑技术，用于对DNA分子中特定位置进行单个碱基的修改，主要包括腺嘌呤碱基编辑器与胞嘧啶碱基编辑器等。然而，在评估碱基编辑器的编辑效果时，以前主要通过实验，其耗时耗力，且准确度有限，限制了碱基编辑器的进一步广泛应用。
为找到提高预测准确度的限制因素，科研人员系统比较了碱基编辑器在外源整合靶位点和基因组内源靶位点的编辑效果。研究发现，碱基编辑器在内源靶位点的编辑效果受DNA甲基化、组蛋白修饰等表观因素的影响。
为此，科研人员在整合引导RNA序列特征和靶位点表观因素的基础上，开发了一种预测碱基编辑效果的新模型BE_Endo。该模型可准确预测腺嘌呤碱基编辑器和胞嘧啶碱基编辑器在基因组内源靶位点的编辑效果。
该模型还纳入了基因组表观遗传学信息对编辑效果的影响，在评估碱基编辑器在内源靶位点编辑效果方面更准确和高效，对推动基因编辑工具的应用具有重要意义。
该研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国农业科学院科技创新工程等项目资助。
相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41421-023-00624-1
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