合成多肽与重组蛋白作为抗原的区别
重组蛋白质抗原上往往带有多个不同的抗原决定簇，其中有些是顺序决定簇，有些为结构决定簇。利用变性的抗原免疫动物获得多克隆抗体是针对各个抗原决定簇的抗体的混合物，在一般应用中能够用于检测天 然结构或变性的目标蛋白。 利用变性蛋白做为免疫原的一个附带的好处是变性蛋白往往有更强的免疫原性， 能够刺激动物产生强的免疫应答。
用做抗原目的的蛋白质一般选择使用大肠杆菌表达体系，因为该体系时间与金钱成本最di。为了提高目标蛋白质表达的可能性与纯化的方便性，人们有时只表达目标蛋白的一个小的片段，如特定的结构域。
蛋白质特定的结构域
如果制备抗体的目的单纯用于 wb 检测，采用合成的小肽作为抗原是经济快速的，但是存在由于肽段选择不合适造成的免疫原性弱或者无反应原性的风险，由于抗体制备需要较长的周期，因此利用多肽抗原制备抗体时，常常选取两三段不同的肽段以保证实验的成功率。
免疫用的多肽抗原纯度要求大于80%，更高的纯度虽然理论上可以获得特异性更好的抗体，实际操作过程中动物总是要产生大量非特异性抗体，从而掩盖了抗原纯度所带来的收益。
此外，用小片段多肽制备抗体时必须交联到适当的载体抗原上以增强其免疫原性。 常见的有 KLH 与BSA两种抗原载体。
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