一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术...-1
一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术大公开
文章导读
RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A
RNA修饰的研究已进行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰，在这些领域的研究中也不断有高分文章的出现。云序生物是国内RNA修饰测序的领跑者，可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务
(m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前，云序已累计支持客户发表32篇高水平文章，合计影响因子204分，是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
近日，云序客户分别在肝癌和胃癌中进行了m6A和m5C
RNA甲基化的全转录组测序（circRNA、lncRNA和mRNA），其中在肝癌中进行的m5C测序数据发表了三篇表达谱的文章，实现了一次测序，三套数据，三项成果的“大满贯”；随之在胃癌中进行的m6A测序数据也发表两篇表达谱文章。真正体现了一次测序三套数据（circRNA、lncRNA和mRNA），多项成果，超高性价比，短平快发表高分文章。这里我们收集整理了这5篇云序生物提供服务的甲基化测序研究的文章，带领大家掌握常规性表达谱分析思路，给各位老师一个充分利用测序数据的思路。
项目文章
（一）云序客户m5C RNA甲基化修饰表达谱，一次测序三篇文章
疾病：肝癌
样品：肝癌组织vs癌旁组织（6 vs 6）
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
1. 人肝癌和对应临近非肿瘤组织中mRNA的差异m5C表达谱概述
发表杂志：Journal of Translational Medicine
影响因子：4.124
发表日期：2020.06.22
文章链接：Overview
of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human
hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
转录后甲基化修饰，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰，与癌症的肿瘤发生密切相关。然而，肝细胞癌(HCC)中m5C修饰的mRNA表达谱尚不清楚。本文通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鉴定人HCC组织及邻近组织mRNA上的m5C峰，通过由云序生物提供的RNA-seq联合分析并预测特定甲基化转录本的功能。结果发现m5C在HCC和配对的非肿瘤组织中存在显著差异，暗示了m5C可能在HCC的发病机制中发挥作用。此外，GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中独特的分布模式与广泛的细胞功能相关。
2. 人类肝细胞癌中环状RNA的独特5-甲基胞嘧啶谱
发表杂志：Am J Transl Res
影响因子：3.5
发表日期：2020.12.09
文章链接：Distinct 5-methylcytosine profiles of circular RNA in human hepatocellular carcinoma
最近的研究表明，几种环状RNA (circRNAs)可以影响肝细胞癌(HCC)的发生和发展。转录后甲基化修饰，包括5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰，与肿瘤的发生密切相关。然而，HCC中circRNA的m5C修饰图谱仍有待研究。在本研究中，作者通过云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq来识别人类HCC组织和配对的非肿瘤组织的circRNA上的m5C位点。进一步分析了m5C与HCC的关系。此外，根据生物信息学分析预测了特定甲基化转录本的功能。作者发现在HCC组织和配对的非肿瘤组织中m5C存在显著差异，提示circRNA的m5C在HCC的发展中可能发挥关键作用。此外，基因本体论(GO)分析结果表明，circRNA
m5C在HCC中独特的分布模式与特定的代谢相关通路相关。总之，该项研究结果表明，HCC与circRNA的m5C之间可能存在关联，该结果也为circRNA的m5C
RNA甲基化在HCC进展中的新功能提供了新的见解。
3. 肝细胞癌中lncRNA的m5C转录表达谱分析
发表杂志：Cancer Management and Research
影响因子：2.886
发表日期：2020.05.14
文章链接：Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
越来越多的证据表明，甲基化状态与多种癌症的发病机制有关。其中，肝细胞癌(HCC)是威胁全球人类健康的致命疾病。虽然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被确定为一种重要的调控修饰，但其在实体肿瘤(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探讨m5C在HCC中的分布与相关功能。通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq，我们观察到在HCC lncRNA中，m5C甲基化需要一个序列基序。无监督的分级聚类分析证实，lncRNA m5C的甲基化在HCC中比邻近的非肿瘤组织更常见。通过由云序生物提供的RNA-seq数据显示，在HCC中，更多基因通过甲基化表达上调，而在邻近的非肿瘤组织中，甲基化表达下调更多基因。GO和KEGG通路分析显示，lncRNA中与m5C位点显著相关的基因参与了HCC信号通路。结果表明，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC中m5C的数量和分布有很大差异。本文进一步预测了m5C可能参与的HCC细胞功能，为m5C
lncRNA在HCC肿瘤发生进展中的表观遗传调控提供了证据。
