世界大团结，共同完成SARS-CoV-2基因测序
尽管国际测序工作使识别和跟踪新出现的 SARS-CoV-2 变体成为可能，但新的研究表明，需要更广泛的标准化和数据共享来改善全球对 SARS-CoV-2 的监测。
“我们的研究结果表明，迫切需要增加序列的及时和充分共享、元数据文件的标准化，以及对测序和生物信息学能力有限的国家的支持，”共同第一作者、复旦大学传染病研究员陈志远公共卫生及其公共卫生安全重点实验室及其同事在周一发表在《自然遗传学》上的研究中写道。
中国、瑞士和美国的研究人员从 2021 年底之前从国际上收集和分析的病毒分离物产生的数百万个 SARS-CoV-2 基因组序列开始，研究了 100 多个国家特定的监测、测序和报告模式国家。
除了对新变异株的出现和传播的见解——包括在 2021 年初传播的 Alpha 变种，到那年春天被 Delta 变种取代——该团队还记录了不同位置的基因组监测水平，以及可变排序方法和元数据发布。
“我们的研究结果表明，全球 SARS-CoV-2 基因组监测策略和能力差异很大，并且在某些地区受到限制，”作者报告说，并指出“我们的研究表明，在某些国家，大量基因组不可用在公共数据库中。”
例如，在 96 个国家，研究人员发现可用的 SARS-CoV-2 序列数据水平相对较高，而 6 个国家的可用序列数据较低，70 多个国家的可用序列数据中等。另一方面，他们发现在所考虑的近四打国家中，基于基因组测序的常规监测水平特别高。
“我们发现基因组监测策略在全球范围内是异质的，”陈在一封电子邮件中解释说，有 45 个国家进行了高水平的常规基因组监测，而东地中海、非洲和美洲的许多国家进行了有限的监测。
研究小组指出，超过一半的序列来自欧洲，其次是美洲。此外，与更多收入受限的站点相比，更多的 SARS-CoV-2 序列数据被追溯到高收入国家。
在可用的 SARS-CoV-2 基因组中，研究小组指出，研究人员最常求助于短读长测序技术。
Illumina 仪器生成了超过 370 万个序列，而 Oxford Nanopore 测序平台生成了大约 816,000 个基因组，尽管特定技术的可用性和总体测序能力因每个国家或地区的位置和收入水平而异。
同样，研究人员报告说，高收入地区的测序时间往往更短。即便如此，随着大流行的继续，他们研究的所有领域的周转时间都下降了，因为实验室实施了监控流程并改进了他们的工作流程。
尽管在大流行期间产生了大量序列数据，但研究小组指出，到 2021 年底，只有一部分国家始终共享与关注变体相关的序列数据，包括 Alpha、Beta、Gamma 和三角洲菌株。许多 SARS-CoV-2 序列似乎也缺乏人口统计和其他元数据，例如采样方法或受感染个体的症状、结果或疫苗接种状态。
“我们对公开保存的 SARS-CoV-2 序列的分析表明，一些国家没有在公共存储库中共享基因组数据，”陈说。 “为了应对新兴变体的威胁，我们敦促国际合作，鼓励、激励和实现在所有国家及时、完整地测序和共享 SARS-CoV-2 基因组数据。”
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