共价化合物的分子对接问答详解三则
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A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?
B:薛定谔有，covalent docking。
A:有没有用过，结果可有价值?
B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。
殷赋科技:@A 你要针对少数化合物进行对接还是大批量对接?处理方式可以不同。少量的话，就可以重点研究每一个对接构象，批量的话，就不好一个一个看了。
针对少量化合物，我就用Dock6来做非共价对接，然后再挑选合适的Pose，手动连接形成共价复合物。
A:通过分子对接的方法，能不能判断与蛋白是否可以形成共价结合呢?
B:分子对接无法实现反应过程，能否形成还是得参考文献。
殷赋科技:共价结合的基础是合适的构象、反应部位靠近，部分反应需要水分子、金属离子或辅酶的参与。按照这个前提条件去过滤，可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的，做QM/MM或者直接上实验吧。
尽管常规的分子对接无法实现反应过程，但可以帮助我们pass掉不能形成共价结合的分子。
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A:蛋白质配体复合物下载后，怎么分析各种化学键?有哪些网站免费可以用?
B:化学键最好人工分析，主要通过原子之间的几何关系和原子性质去判断，不同软件之间定义键的标准都是有一些区别的。
C:简单软件MOE可以分析，pymol自身也有分析功能。具体在网上应该是可以找到相关教程的，或者查文献看看别人是如何做分析化学键的，但还是需要综合自己判断，确认、分析、增补。
D:pdb官网，提供晶体的ligand interaction。具体见预览图下方的3D view>Ligand interaction，基本够用。可以调整角度，位置，查看/隐藏键的类型。
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A:请教下，有没有可以把两段蛋白(pdb)直接脱水缩合拼在一起的软件?
B:我之前用过一个笨方法，modeller多模板同源建模，把拼接的序列写进fasta，指定两个晶体结构就能做出来，但是需要优化，评分不是很好。
殷赋科技:如果脱水缩合的地方在空间上是紧挨着能够成建的，直接手动改下pdb文件，把两链改成一条链，或者用MOE合并链。
C:请问，怎么计算B-factor，用DS和薛定谔可以计算吗?
D:B-factor可以直接从晶体结构里面提取。
