peaklink和MZDASoft：加快了蛋白质的研究步伐
蛋白质由于是生物科学的基础，所以蛋白质成了生物医药研究模型的中心。研究蛋白质可以让科学家们明白疾病机理，同时分析样本之间表达的差异性可用于诊断中的生物标记物。
蛋白质的研究需要有在多个样本中对比大量蛋白质表达的能力，这对基于液相色谱——串联质谱方法来说是一个挑战。串联质谱提供一个可靠的洗脱时间和鉴定肽的信息，这常常用于LC/MS的定量中用来找到相应的匹配峰，在一次运行中他只能在所有的蛋白中抽取一部分碎片作为样本。
这意味着在多种样本中只有一小部分的鉴定肽被定量和进行比较。这限制了临床科研人员的工作也妨碍了数百名患者的蛋白质表达谱的大型研究。
最近开发的一个称为peaklink的算法试图来解决这个问题。它可以准确的将没有经过串联质谱的LC/MS峰关联到相关其他仪器、组织和实验室的其他运行中的样本中的MS/MS鉴别肽。不幸的是，PeakLink还不能实际使用，因为现有的软件体系结构不能同时提供从多个的LC-MS / MS的样品获得的峰洗脱曲线。
认识到了peaklink的潜力，圣安东尼奥的得克萨斯大学的研究人员一种全新的软件包，来实现他的潜力。这个软件叫做MZDASoft，可以通过 LC–MS/MS进行不同样本间蛋白表达水平的大量比较。
MZDASoft用其核心部件Parallel Peak Extractor (PPE)来提取LC/MS的峰的特征。它的定量应用MZDASoftQuant包括两个不同的模块，TandemQuant量化串联质谱鉴定肽并且提供peaklink所需的数据。这样的安排提高了整个过程的速度，因为它将从其他步骤中提取特征分开了。
这个软件包是非常有效地，因为特征提取可以同时进行。这可以使得大量的研究可以进行，包括GB数据100s，而且可以在众多的病人，时间点和条件下可以快速的处理。PPE同时还可以将提取的特征存入数据库，使得可以应用于更多的案例。而且它提取特征在分析中不需要任何信息，这意味着他可以用于更多的LC/MS的应用。
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